DRSC/TRiP Functional Genomics Resources

powered by:
logo

back to: DIOPT - Ortholog Prediction Tool / DIOPT for Diseases and Traits


Protein Alignment Crag and Dennd4a

DIOPT Version :9

Sequence 1:NP_001162710.2 Gene:Crag / 31800 FlyBaseID:FBgn0025864 Length:1671 Species:Drosophila melanogaster
Sequence 2:XP_008764615.1 Gene:Dennd4a / 315756 RGDID:1562639 Length:1873 Species:Rattus norvegicus


Alignment Length:1974 Identity:684/1974 - (34%)
Similarity:973/1974 - (49%) Gaps:416/1974 - (21%)


- Green bases have known domain annotations that are detailed below.


  Fly     1 MEEK--RIADYFVVAGMPENPQLLQEN-SFNDSGRLRAATTIEPITDIGVYFPLLGEEVPEGYEI 62
            :|:|  |:||||||||:.:..:.|:|. .|||:.. :.|...|||||:.|....||||||:.|..
  Rat     2 IEDKGPRVADYFVVAGLTDISKPLEEEIHFNDACH-KVARPKEPITDVSVIIKSLGEEVPQDYVC 65

  Fly    63 LSHTPTGLQANLNHGSVRTTDCYIYFRRGKDRPPLVDIGVLYDGHERIMSDAEIVAETPGGRVAN 127
            :..|||||.|:||:||:.....|:.::||:|:|||.|:|||||..||:....||:..||.||.||
  Rat    66 IDVTPTGLSADLNNGSLVGPQIYLCYKRGRDKPPLTDLGVLYDWKERLKQGCEIIQSTPYGRPAN 130

  Fly   128 V--NNSSAKTFLTYRRARADMPCNELVVTELCVIVQSKGERAPHAFCLIYKTLNKGYVGSDVYLC 190
            :  :.||.:.::|||||..:...|.|.||::|:|:.||||..||.||.:.|.||....||.||||
  Rat   131 ISGSTSSQRIYITYRRASENTTQNTLAVTDICIIIPSKGESPPHTFCKVDKNLNNSMWGSAVYLC 195

  Fly   191 YKKSMYRPKHISYKPEILLRYPTFDHTDFPLNLCPSVPLFCLPMGASLEAWPHVNGTEKRKPISP 255
            ||||:.:...||||..::.|||..|:..|  :|..|||||||||||::|.||    .:.:.|: |
  Rat   196 YKKSVAKTNTISYKAGLICRYPQEDYESF--SLPESVPLFCLPMGATIECWP----PDSKYPL-P 253

  Fly   256 VFSTFVLTVSDGTYKVYGSALTFYEDYDESKLSAEQKELLGW----DEEFGAQHSLHMIKAICLL 316
            ||||||||.:... ||||:|:.|||.|.|..|:.:|:.|||.    |.:.....::|..|.||||
  Rat   254 VFSTFVLTGASAE-KVYGAAIQFYEPYSEENLTEKQRLLLGLTSLVDGKSDGSRTIHTNKCICLL 317

  Fly   317 SHHPFGDTFDKWLKYLHRMVLYDVNIP--IPVERYITQLLDEVPFPAPS---IHLQLSSESNDRI 376
            ||.||.|.|.|:|.:|:|   |.::.|  :|:|::|:..:.:||||:|.   |.:|||  .:|.:
  Rat   318 SHWPFFDAFRKFLTFLYR---YSISGPHALPIEKHISHFMHKVPFPSPQRPRILVQLS--PHDNL 377

  Fly   377 LLTQPEDSPLPRSGAGFHILLQNLGTDNCLHVLLLALTEQKILIHSLRPATLTAVAEAIVSLLFP 441
            :|:||..||||.||..|..||||||.:|.:.:|:.|:||.|||||||||:.||:|.||:||::||
  Rat   378 ILSQPVSSPLPLSGGKFSTLLQNLGPENAVTLLVFAVTEHKILIHSLRPSVLTSVTEALVSMIFP 442

  Fly   442 FKWQCPYIPLCPLGLAEVLHAPLPYLIGVDSRFFDLYEPPTDVTCIDLDTNNISLCESQRHLSPK 506
            |.|.|||:|||||.||:||.||.|:::|:|||:||||:||.||:|:|||||.||....:::::.|
  Rat   443 FHWPCPYVPLCPLALADVLSAPCPFIVGIDSRYFDLYDPPPDVSCVDLDTNTISQTGDKKNVAWK 507

  Fly   507 LLPKRAARLLRQTLTELEN--AKPISYDSTNSL------DRDIRKRKRELVLEQRIQEAFLLFMA 563
            :|||:..:.|..||..|..  ||.......:.|      |.|....||..:::..||||||.|||
  Rat   508 ILPKKPCKNLMNTLHNLHQQLAKLQQRPRDDGLMDLAMNDYDFNSGKRLHMIDLEIQEAFLFFMA 572

  Fly   564 SILRGYRDFLVPISKAPSVGATDPSALFQLKAFLRSRDKSHQKFFELMMKTQMFIRFIEERSFVS 628
            |||:|||.:|.||::|||..|||.::||.|:|||||||:|||||:.:|.|||||||||||.||||
  Rat   573 SILKGYRSYLRPITEAPSETATDATSLFALQAFLRSRDRSHQKFYNMMTKTQMFIRFIEECSFVS 637

  Fly   629 DGDHGLSFFDECAEKVGNYDETPAQLHLVDWDTGQNSERTKYIFPPD-SVTPAGSQPGGGGGGLA 692
            |.|..|:|||:|.:||..  :...::.|::.|....||.|.::.||: ...|.|.:|     .|.
  Rat   638 DKDASLAFFDDCVDKVDT--DKSGEVRLIELDASFKSEHTVFVTPPEIPQLPNGEEP-----PLQ 695

  Fly   693 YNYENFTL-------QPE-LLQSTKKTALSKFLQLQLNASLSPG--SPIARRTKHEIKLSQKMAS 747
            |:|..|.:       :|| .||:.|....||        ..|||  ||:.||||.|||.:.|:|.
  Rat   696 YSYNGFPVLRNNLFERPEGFLQARKNKLPSK--------PSSPGSPSPMFRRTKQEIKSAHKIAK 752

  Fly   748 RCQQHPEAWSKYLLATCYSLYFLILPSMVLDPRHAGKEPEILRAAYDVLVRASRLKI-TCDEFCY 811
            |....|:.||:.||..||.|:|:.||:.|   :....:...|:.|||||.:....|: ..||.||
  Rat   753 RYSSIPQMWSRCLLRHCYGLWFICLPAYV---KVCHSKVRALKTAYDVLKKMQLKKMDPPDEVCY 814

  Fly   812 RIMMQLCGIHNLPVLAVRLHYLMKRSGVQANALTYGFYNRCVLESQWPQDSTTISQIRWNRIKNV 876
            ||:|||||.::.||||||:.:.|:::|:..||:|||:||:.||||.||..|.: ....|.:|:||
  Rat   815 RILMQLCGQYDQPVLAVRVLFEMQKAGIDPNAITYGYYNKAVLESTWPSRSRS-GYFLWTKIRNV 878

  Fly   877 VLGAAQFRKAGK------QRAASKVNKSLSAS----QDQNLSTLETVD--------GQSRTSLAS 923
            |||.|||::|.|      |.|.|.....|..|    .|.......|.|        |...:||:.
  Rat   879 VLGVAQFKRALKKHPHLPQTALSGGRSDLGYSSLCKDDVRREATSTEDIQGEKDKKGSDSSSLSE 943

  Fly   924 SSGDGGGHGLLDFAAFDRLRNKLGSIVRQTVTG--GNNETMGDAVNNTG--LLIPG---ELSAPN 981
            :....|....|...::    ....:|||.:.|.  |.::..|:...:|.  ||:|.   ...|..
  Rat   944 NESAKGSADCLPSLSY----QSSSTIVRLSGTNQDGADKMSGECEESTPELLLVPSCNDTNEAQT 1004

  Fly   982 TPT------YGGDTEILAKALQQQQP-RKQIMSIGGG----------DDDDEDEDEDEYTAG--- 1026
            .|:      :..|.|   ..||||.| ..:..::.||          :.:....|..|....   
  Rat  1005 MPSRCFRKRHKSDDE---SHLQQQMPWGNRNRNLSGGVLMRFMLNRINQETNPGDMVEKLGADAK 1066

  Fly  1027 ------SPSTPQKQLEAG-------ADDLEYAGGGD---YEA-------------DEEDED-EVD 1061
                  |.||....|:.|       .|.||.....|   ::|             |.||.| |.|
  Rat  1067 ILSNVISKSTRPNSLDIGKPPVRSKRDSLEKESSDDDTPFDASNCLDKVESPVIFDLEDLDTETD 1131

  Fly  1062 EH----VAAQRAR--QRVQSPTKISPRTP---VTQNDPLGAL--------------NEEESAASA 1103
            ..    ||||..:  ||:.|...:.|...   ||..|||..|              :|:::.:.:
  Rat  1132 GSKVGCVAAQNPKRLQRMNSSFSVKPSEKTDVVTGFDPLSLLVAETEQQQKVEEEDDEDDNKSIS 1196

  Fly  1104 TPT------QETQQEQQHSQS-------QIDSSIYSDK-------PILFRGQRSATFDEST---- 1144
            ||:      :|.:....:..|       .||....||:       |.|.:..|.::...::    
  Rat  1197 TPSARRNLAEEIEMYMNNMSSPLTSRTPSIDLQRASDEKLTNKKSPTLVKACRRSSLPPNSPRPV 1261

  Fly  1145 --QIGKSMHRSETMP---VASS-----------GVTNSLANIGSSLKFTFGRYSPARLSLKKDLK 1193
              ...||..:||..|   :.||           |...:||:  ||..|........:|.:.:...
  Rat  1262 RLTKSKSYTKSEERPRDRLWSSPAFSPTCPFREGSQETLAH--SSPSFNLDTLLVPKLDVLRHSV 1324

  Fly  1194 LPA--NIIENISS----ISPSLTGKKSNELIQGSLSSIKSAANSLTKKFDEIKGVISANSTPTKT 1252
            ..|  .:.|..|.    .:...|..|.....:.||||:.:..:..|...||              
  Rat  1325 FTAGKGVAEKASKWYSRFAMYTTSSKDQSSDRTSLSSVGAQDSESTSLTDE-------------- 1375

  Fly  1253 NNGHHPHGLHHGHHHPHHHHHHHSQHGNAEQEEHDAAVHEEGKLRRVSSDLDPWGRLSESRKSSY 1317
                               ...|...|....:|..||...:|              :..||.|  
  Rat  1376 -------------------DVCHELEGATSSQESSAASGTKG--------------IDASRAS-- 1405

  Fly  1318 NNLVPLGENSS-TGALHMHAFPAVPDNLYSLTSENA---ADRDCDVLIQLTTCSQCHNCSVLVYD 1378
                 ||.::| .|:|...|.|...:...||.:.|.   .:...:|||  ::||:|..|..||:|
  Rat  1406 -----LGSSASLEGSLSKFALPGKTETASSLNTSNTNIFQNYAMEVLI--SSCSRCRTCDCLVHD 1463

  Fly  1379 EEIMSGWTAEDSNLNTTCHACNKLTVPFLSVQI-------------------------------- 1411
            ||||:||||:||||||||..|..|.:|||:|:|                                
  Rat  1464 EEIMAGWTADDSNLNTTCPFCGNLFLPFLNVEIRDLRRPGRYFLKSSSSTETMHFASSFSSRTRQ 1528

  Fly  1412 -------------------------ERQVEESEQSDPLQ-------------------------- 1425
                                     :.:::|:..:..:|                          
  Rat  1529 SCISASASGLDTSSLSVQGNLDLNNKSKLQENPCARSIQIPAHRSKTVVSKCPLFPMARSISTCG 1593

  Fly  1426 -------DGKEQIANGNSHKT------------------SLTVPYLNPLVLRKELENILTQEGDI 1465
                   .|::.|..|:...|                  .:|||||:|||:.||||::|..|||.
  Rat  1594 PLDKDEPGGQKLIPTGSLPATLQGPTDSLGLEWHLPSPDPVTVPYLSPLVVWKELESLLENEGDH 1658

  Fly  1466 ALIKPEFVDEHPIIYWNLLWLMERIESKTHLPELCLPVPSDKEHIDPLSKV---------KTVHI 1521
            |:...:|||.|||::|||:|...|::..::||.|.|    ..||.:..||:         |.|.|
  Rat  1659 AITVADFVDHHPIVFWNLVWYFRRLDLPSNLPGLIL----SSEHCNKYSKIPRHCMSEDSKYVLI 1719

  Fly  1522 QCLWDNLSLHTEASGPPMYLLYR----------ETQPTSPLIKALLTDQAQLNKNVIQQIISAIR 1576
            |.||||:.||.: .|.|:|:|:.          ||| ..|::..|.......|:.:::.::.:|:
  Rat  1720 QMLWDNMKLHQD-PGQPLYILWNAHSQNRTLLFETQ-KYPMVHLLQKSDNSFNQELLKSMVKSIK 1782

  Fly  1577 CNDFATPLKRLANERHKLKSNGVERSHSFYRDILFLALTAIGRSNVDLATFHREYAAVFDKLTER 1641
            .||...|:.::.....|...  .:|..|.||:||||:|.|:||.|:|:..|.:||...:|:||..
  Rat  1783 MNDVYGPMSQILETLSKCPH--FKRQRSLYREILFLSLVALGRENIDIDAFDKEYKMAYDRLTPS 1845

  Fly  1642 ECNMYYRNQDLPPSASTIFCRAYF 1665
            :....: |.|.|||...:.||..|
  Rat  1846 QVKSTH-NCDRPPSTGVMECRKTF 1868

Known Domains:


Indicated by green bases in alignment.

GeneSequenceDomainRegion External IDIdentity
CragNP_001162710.2 uDENN 189..279 CDD:214824 45/89 (51%)
DENN 308..492 CDD:307995 103/188 (55%)
dDENN 551..624 CDD:129037 50/72 (69%)
PPR repeat 808..837 CDD:276811 17/28 (61%)
Dennd4aXP_008764615.1 uDENN 194..276 CDD:214824 45/89 (51%)
DENN 309..493 CDD:396629 103/188 (55%)
dDENN 560..633 CDD:129037 50/72 (69%)
PPR_2 809..849 CDD:404055 21/39 (54%)
PPR repeat 811..840 CDD:276811 17/28 (61%)


Information from Original Tools:


Tool Simple Score Weighted Score Original Tool Information
BLAST Result Score Score Type Cluster ID
Compara 00.000 Not matched by this tool.
Domainoid 1 1.000 398 1.000 Domainoid score I721
eggNOG 1 0.900 - - E1_KOG2127
Hieranoid 1 1.000 - -
Homologene 1 1.000 - - H55933
Inparanoid 1 1.050 995 1.000 Inparanoid score I283
OMA 1 1.010 - - QHG46628
OrthoDB 1 1.010 - - D47872at33208
OrthoFinder 1 1.000 - - FOG0001463
OrthoInspector 1 1.000 - - otm45067
orthoMCL 1 0.900 - - OOG6_102394
Panther 1 1.100 - - O PTHR12296
Phylome 1 0.910 - -
SonicParanoid 1 1.000 - - X917
SwiftOrtho 1 1.000 - -
TreeFam 1 0.960 - -
1514.840

Return to query results.
Submit another query.