DRSC/TRiP Functional Genomics Resources

powered by:
logo

back to: DIOPT - Ortholog Prediction Tool / DIOPT for Diseases and Traits


Protein Alignment HMGCR and Hmgcr

DIOPT Version :10

Sequence 1:XP_011541659.1 Gene:HMGCR / 3156 HGNCID:5006 Length:908 Species:Homo sapiens
Sequence 2:XP_006231888.1 Gene:Hmgcr / 25675 RGDID:2803 Length:897 Species:Rattus norvegicus


Alignment Length:896 Identity:831/896 - (92%)
Similarity:858/896 - (95%) Gaps:1/896 - (0%)


- Green bases have known domain annotations that are detailed below.


Human    13 GSKDSVATMLSRLFRMHGLFVASHPWEVIVGTVTLTICMMSMNMFTGNNKICGWNYECPKFEEDV 77
            ||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  Rat     3 GSKDCVATMLSRLFRMHGLFVASHPWEVIVGTVTLTICMMSMNMFTGNNKICGWNYECPKFEEDV 67

Human    78 LSSDIIILTITRCIAILYIYFQFQNLRQLGSKYILGIAGLFTIFSSFVFSTVVIHFLDKELTGLN 142
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  Rat    68 LSSDIIILTITRCIAILYIYFQFQNLRQLGSKYILGIAGLFTIFSSFVFSTVVIHFLDKELTGLN 132

Human   143 EALPFFLLLIDLSRASTLAKFALSSNSQDEVRENIARGMAILGPTFTLDALVECLVIGVGTMSGV 207
            ||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  Rat   133 EALPFFLLLIDLSRASALAKFALSSNSQDEVRENIARGMAILGPTFTLDALVECLVIGVGTMSGV 197

Human   208 RQLEIMCCFGCMSVLANYFVFMTFFPACVSLVLELSRESREGRPIWQLSHFARVLEEEENKPNPV 272
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  Rat   198 RQLEIMCCFGCMSVLANYFVFMTFFPACVSLVLELSRESREGRPIWQLSHFARVLEEEENKPNPV 262

Human   273 TQRVKMIMSLGLVLVHAHSRWIADPSPQNSTADTSKVSLGLDENVSKRIEPSVSLWQFYLSKMIS 337
            ||||||||||||||||||||||||||||||||:.|||||||.|:|||||||||||||||||||||
  Rat   263 TQRVKMIMSLGLVLVHAHSRWIADPSPQNSTAEQSKVSLGLAEDVSKRIEPSVSLWQFYLSKMIS 327

Human   338 MDIEQVITLSLALLLAVKYIFFEQTETESTLSLKNPITSPVVTQKKVPDNCCRREPMLVRNNQKC 402
            ||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||.||..||||||||:|||.|||.
  Rat   328 MDIEQVITLSLALLLAVKYIFFEQAETESTLSLKNPITSPVVTPKKAQDNCCRREPLLVRRNQKL 392

Human   403 DSVEEETGINRERKVEVIKPLVAETDTPNRATFVVGNSSLLDTSSVLVTQEPEIELPREPRPNEE 467
            .||||:.|:|::||||||||||||.:|..|||||:| :|.......|..|||.||||.|||||||
  Rat   393 SSVEEDPGVNQDRKVEVIKPLVAEAETSGRATFVLG-ASAASPPLALGAQEPGIELPSEPRPNEE 456

Human   468 CLQILGNAEKGAKFLSDAEIIQLVNAKHIPAYKLETLMETHERGVSIRRQLLSKKLSEPSSLQYL 532
            |||||.:||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||:||||||||
  Rat   457 CLQILESAEKGAKFLSDAEIIQLVNAKHIPAYKLETLMETHERGVSIRRQLLSAKLAEPSSLQYL 521

Human   533 PYRDYNYSLVMGACCENVIGYMPIPVGVAGPLCLDEKEFQVPMATTEGCLVASTNRGCRAIGLGG 597
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||.||:||||||||||||||||||||||.|||
  Rat   522 PYRDYNYSLVMGACCENVIGYMPIPVGVAGPLCLDGKEYQVPMATTEGCLVASTNRGCRAISLGG 586

Human   598 GASSRVLADGMTRGPVVRLPRACDSAEVKAWLETSEGFAVIKEAFDSTSRFARLQKLHTSIAGRN 662
            |||||||||||:|||||||||||||||||:||||.|||||:|||||||||||||||||.::||||
  Rat   587 GASSRVLADGMSRGPVVRLPRACDSAEVKSWLETPEGFAVVKEAFDSTSRFARLQKLHVTLAGRN 651

Human   663 LYIRFQSRSGDAMGMNMISKGTEKALSKLHEYFPEMQILAVSGNYCTDKKPAAINWIEGRGKSVV 727
            ||||.||::|||||||||||||||||.||.|:|||:||||||||||||||||||||||||||:||
  Rat   652 LYIRLQSKTGDAMGMNMISKGTEKALLKLQEFFPELQILAVSGNYCTDKKPAAINWIEGRGKTVV 716

Human   728 CEAVIPAKVVREVLKTTTEAMIEVNINKNLVGSAMAGSIGGYNAHAANIVTAIYIACGQDAAQNV 792
            |||||||||||||||||||||::||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  Rat   717 CEAVIPAKVVREVLKTTTEAMVDVNINKNLVGSAMAGSIGGYNAHAANIVTAIYIACGQDAAQNV 781

Human   793 GSSNCITLMEASGPTNEDLYISCTMPSIEIGTVGGGTNLLPQQACLQMLGVQGACKDNPGENARQ 857
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  Rat   782 GSSNCITLMEASGPTNEDLYISCTMPSIEIGTVGGGTNLLPQQACLQMLGVQGACKDNPGENARQ 846

Human   858 LARIVCGTVMAGELSLMAALAAGHLVKSHMIHNRSKINLQDLQGACTKKTA 908
            ||||||||||||||||||||||||||:|||:|||||||||||||.||||.|
  Rat   847 LARIVCGTVMAGELSLMAALAAGHLVRSHMVHNRSKINLQDLQGTCTKKAA 897

Known Domains:


Indicated by green bases in alignment.

GeneSequenceDomainRegion External IDIdentity
HMGCRXP_011541659.1 2A060605 21..908 CDD:273339 823/886 (93%)
HmgcrXP_006231888.1 2A060605 11..897 CDD:273339 823/886 (93%)

Return to query results.
Submit another query.