Protein Alignment per and per3

DIOPT Version :10

• Sequence 1: NP_525056.2
• Gene: per / 31251
• FlyBaseID: FBgn0003068
• Length: 1218
• Species: Drosophila melanogaster
• Sequence 2: NP_571659.3
• Gene: per3 / 58107
• ZFINID: ZDB-GENE-000804-1
• Length: 1281
• Species: Danio rerio
• Alignment Length: 1366
• Identity: 279/1366 - (20%)
• Similarity: 455/1366 - (33%)
• Gaps: 338/1366 - (24%)

  Fly     4 GESTESTHNTKVSDSAYSNSCSNSQSQRSGS---------SKSRLSGSHSSGSSGYGGKPS---- 55
            ||...|:....:.......:.|......||:         ::.|: |..|||....||:.:
Zfish    10 GEQENSSPGPDIHTGQTDQTSSGQDPGTSGNISASGEEEEAEERI-GRRSSGCEESGGEQTHEDV 73

  Fly    56 ------TQASSSDMIIKRNKDKSR---------KKKKNKGAGQGAGQAQTLISASTSLEGRDEEK 105
                  |.:|.:|.|..|:....|         ....:.|:..|:|..::..||:.|........
Zfish    74 DMNSTHTSSSGNDSIHHRHHHHHRHHHHHHHHSSSNCSPGSTTGSGSTKSSKSATGSSSSSFHST 138

  Fly   106 PRPSGTGCVEQQICRELQDQQHGEDHSEPQAIEQLQQEEEE--DQSGSESEADRVEG-------V 161
            ..   |.|.||        .:.|.:|:..:.:..:|:.::.  .:..|.|:|..||.       |
Zfish   139 HH---TECGEQ--------TETGREHTHREMMHTVQEMKKRLPSEKRSRSKASTVEALHYALNCV 192

  Fly   162 AKSEAAQSFPIPSPLSVTIVPPSMGGCGGVGHAAGLDSGLAKFDKTWEAGPGKLESMTGVGAAAA 226
            .:.:|...:                      :...:.|||   |:..:|....||.:.|.
Zfish   193 KQVQANSEY----------------------YNLLMSSGL---DERRDATVCTLEELEGF----- 227

  Fly   227 GTGQRGERVKEDSFCCVISMHDGIVLYTTPSITDVLGYPRDMWLGRSFIDFVHLKDRATFASQIT 291
             |.:...: ..|||..|.|:..|.|:|.:...:.||...|.......|::.::.:|...|.|.
Zfish   228 -TSEHTLK-NTDSFVVVFSLASGKVVYASEQASSVLHCKRKFLESAKFVEMLYHQDVNVFYSH-- 288

  Fly   292 TGIPIAESRGSVPKDA---------KSTFCVMLRRYRGLKSGGFGVIGRPVSYEPFRLG---LTF 344
            |..|...|.......|         ||.||    |.||.|..     ...:.|.|||:.   |..
Zfish   289 TAQPRLPSWNLGTDSAAVLFECAQVKSFFC----RIRGGKDR-----DGDMRYSPFRITPYLLKV 344

  Fly   345 REAPEEARPDNYMVSNGTNMLLVICATPIKSSYKVPDEILSQKSPKFAIRHTATGIISHVDSAAV 409
            :.:..|..|           ..:..|..|.|.|:.|...:.::.  |:..|:...:...||..||
Zfish   345 QGSSGEEEP-----------CCLALAERIISGYEAPRIPMDKRI--FSTTHSPGCVFLEVDDRAV 396

  Fly   410 SALGYLPQDLIGRSIMDFYHHEDLSVMKETYETVMK-KGQTAGASFCSKPYRFLIQNGCYVLLET 473
            ..||||||||||.|::...|.:|..:|...:..::| .||   ..|...|.||..|||.||.|::
Zfish   397 PLLGYLPQDLIGTSVLTCLHPDDRLLMLAMHRKIVKYAGQ---PPFEHSPIRFRCQNGDYVTLDS 458

  Fly   474 EWTSFVNPWSRKLEFVVGHHRVFQGPKQCNVFEAAPTCKLKISEEAQSRNTRIKEDIVKRL---- 534
            .|:||:||||||:.|::|.|:|..||...:||.|    :.|..:.....:.:..:.::.:|
Zfish   459 SWSSFINPWSRKVAFIIGRHKVRTGPLNEDVFAA----RSKADQPVMCEDVKELQAMIHKLFLQP 519

  Fly   535 --------------------AETVSRPSDT---VKQEVSRRCQALASFMETLMDEVSRADLKLEL 576
                                ..:|:..||:   :.::..|....|..|... :::|.....:..|
Zfish   520 VHNNGSSGYGSLGSNGSHEHYISVASSSDSNGNLWEDSHRETMTLQQFCAD-VNKVKNWGQQAYL 583

  Fly   577 PHENELTVSERDSVMLG---EISPHHDY-------YDSKSSTETP--PSYNQLNYNENLLRFFNS 629
            ....:||.....:.:.|   ..|..||.       ...:.:.:.|  |||.|:|..::::|:..|
Zfish   584 ESRKKLTALGPATAVAGAGVHASSSHDLGIRDHLKQSLQKARKQPHIPSYQQINCVDSIIRYLES 648

  Fly   630 KPVTAPAELDPPKTEP---PEPRGTCVSGASGPMSPVHEGSGGSGSSGNFTTASNIHMSSVTNTS 691
            ...:|...    |.|.   .....:..|....|.:..||.:..:.........|.:...|.|..:
Zfish   649 CATSALKR----KCESLSITTSSSSSTSEEDKPTAAAHENTDDAALDAARALDSQVSAGSATTAA 709

  Fly   692 IAGTGGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGT---------------GTGTGTGTGTGTGNGTN 741
            :.|...|.....|   ......:.|...:.:.|               ....|:..........:
Zfish   710 VVGAPLTDITIST---EAMSVVSVTSQCSYSSTIVHVPQPESEVTALEDAPMGSEPADSAPAPAS 771

  Fly   742 SGTGTGTASSSKGGSAAIPPVTLTESLLNKHNDEMEKFMLKKHRESRGRTGEKSKKSANDTLKML 806
            ....:|:||:|:   ..:..:.||:.:|:.|..:.|:..:.:.|       .:..:|...:....
Zfish   772 PAPDSGSASTSQ---EELLVLGLTKEVLSAHTQKEEQQFVDRFR-------HRILQSPYSSYLQQ 826

  Fly   807 EYSGPGHGIKRGGSHSWEGEANKPKQQLTLGTDAIKGAAGSAGGAVGTGGVGSGGAGVAGGGGSG 871
            :.|...|...||.......:..:||
Zfish   827 DNSSNAHSHHRGDVVRQPNKHKRPK---------------------------------------- 851

  Fly   872 TGVAGTPEGRATTTSGTGTPGGAGGGGGAGAAAAAGASSSVGSSTPGPSSYPTCTQNINLWPPFS 936
                  ||. ::.:.....||......|..||..:...|| .||.|.||       ||...||.:
Zfish   852 ------PED-SSDSYECSQPGNYWSLPGPTAAPHSSWPSS-ESSQPPPS-------NIGFVPPMA 901

  Fly   937 VGI-TPPVHS-----THTAMAQSSFSSAGLFPTFYYIPASLTPTSPTRSPRMHKHPHKGGTDMPT 995
            |.: |||..:     ....|.|.......|.|        :||......|....:|...|...|
Zfish   902 VPMQTPPYFNIIGADQQPVMLQPDPGVQNLQP--------MTPMMVVLLPSFPMYPPNNGMYFP- 957

  Fly   996 TSQQAAAAAAQAMPLQ----YMAGVMYPHPSLFYTHPAAAAATAMMYQP--MPFPGMANALQIPE 1054
                  .||...:|..    ...|...|..:....|...:|...:..:|  :|.|.....|...:
Zfish   958 ------MAAPGVVPYNIGGFVPPGTPMPAEAPLQGHNLESAGVGVPAEPDSIPEPWFGEDLDAAQ 1016

  Fly  1055 RPLGSQSAYNKSVYTTTP-------ASMTKKVPGAFHSVTTPAQVQRPSSQSASVKTEPG----- 1107
                 .:|...|..:::|       ..:||  |....:.|....:|...:::...::|.|
Zfish  1017 -----PTALFSSSRSSSPIQLNLLQEELTK--PSEAQTSTNADSLQEHHTKTDDARSECGHQDAH 1074

  Fly  1108 -SSAAVSDPCKKEVPDSSPIPSVMGDYNSDPPCSSSNPANNKKYTDSNGNSDDMDGSSFSSFYSS 1171
             ||:.:.|...:|...|....:..|..:.:    |.....:.....|||.|....|||.||.|.:
Zfish  1075 SSSSEMLDQLLQEDARSGTGSNASGSGSGE----SGGSLGSGSGLGSNGTSTSHTGSSNSSKYFA 1135

  Fly  1172 FIKTTDGSESPPDTEKDPKHRKLKSMSTSE-------------SKIMEHPE----------EDQT 1213
                   |....||.:  |.||.......|             |.|.:.||          .||.
Zfish  1136 -------SNDSSDTSR--KARKSAEAQERERSGFKKHVDDPLWSMIKQTPEPVMLTYQISSRDQA 1191

  Fly  1214 Q 1214
            |
Zfish  1192 Q 1192

Known Domains

Gene	Sequence	Domain	Region	External ID	Identity
per	NP_525056.2	PAS	238..333	CDD:395786	27/103 (26%)
		PAS	388..495	CDD:238075	45/107 (42%)
per3	NP_571659.3	None