DRSC/TRiP Functional Genomics Resources

powered by:
logo

back to: DIOPT - Ortholog Prediction Tool / DIOPT for Diseases and Traits


Protein Alignment Gbf1 and garz

DIOPT Version :9

Sequence 1:XP_006231558.1 Gene:Gbf1 / 309451 RGDID:1307160 Length:1895 Species:Rattus norvegicus
Sequence 2:NP_610761.2 Gene:garz / 36337 FlyBaseID:FBgn0264560 Length:1983 Species:Drosophila melanogaster


Alignment Length:1963 Identity:829/1963 - (42%)
Similarity:1128/1963 - (57%) Gaps:278/1963 - (14%)


- Green bases have known domain annotations that are detailed below.


  Rat     6 IYIIQGEINIVVGAIKRNARWSTHIPLDEERDPLLHSFSHLKEVLNSGTELSEIEPNVFLRPFLE 70
            ||:::||:..::.|::|..||:....:|:|.|.||..|..||..||...:|.:|||.|||.||||
  Fly     8 IYVVRGEMATLMTAMRRGTRWNATAYVDDENDSLLKLFIDLKHELNRIEDLRQIEPQVFLAPFLE 72

  Rat    71 VIRSEDTTGPITGLALTSVNKFLSCALIDPTHEGTAEGMENMADAVTHARFVGTDPASDEVVLMK 135
            |||:.|.|||:|.|||.||||.||..|||||....|:.:|.:|||||||||:|||.:||.|..|:
  Fly    73 VIRTADATGPLTSLALASVNKLLSYGLIDPTSPNLADIVERIADAVTHARFMGTDQSSDGVTFMR 137

  Rat   136 ILQVLRTLLLTPVGTHLTNESVCEIMQSCFRICFEMRLSELLRKSAEHTLVDMVQLLFTRLPQFK 200
            :::||.||:.:|.|..::|.|:||:|.|||:|.||.|||||||:|||.:|.|||.|.|.|||||.
  Fly   138 VIEVLHTLIRSPEGAAVSNVSMCEVMLSCFKISFEPRLSELLRRSAEKSLKDMVLLFFMRLPQFA 202

  Rat   201 EEPKSYVGTNLKKISPCLLNTLELSSGEQTKALNQLERVLLFKNLKLKMRAGGMSDSSKWKKQKR 265
            ||...   |.|:|         ..:.|:......|       :.||.|..|...:...|....:.
  Fly   203 EERSD---TMLQK---------RFTIGDAASGATQ-------EKLKRKTVAQAQTAPRKSSAVEE 248

  Rat   266 SPRPPRHTTKVMPGSELPTPNGAALSSNLTGGMPFIEAPTSISSASSEAASTVVSPCTDSGLELS 330
            .|:.|:.....:||                    .::||.        .|:|..||   :|..|.
  Fly   249 PPQTPQSANLTVPG--------------------HLKAPI--------LATTPASP---AGNILD 282

  Rat   331 SQATSKEDLTDLEQAGSPREITTTEPGSTEIGVSDQLDPQQEGAHVEKAQSASVESIPEVLEECT 395
            .|.                :||.|...:...|..:...|:.....||     |.||.|.:..|..
  Fly   283 MQG----------------KITQTPTTTASTGEDETTVPETPVIQVE-----STESEPLLDGETG 326

  Rat   396 SPTDHSDSASVHDMDYVNPRGVRFT-QSSQKEGTALVPYGLPCIRELFRFLISLTNPHDRHNSEV 459
            ..|  |..|..:..:|:|..||||| ||:..:.|:|.|||||.|:|||||||.|.||.|:.||:.
  Fly   327 EAT--STLAEANSSEYINSVGVRFTQQSTDHDVTSLSPYGLPFIQELFRFLIILCNPLDKQNSDS 389

  Rat   460 MIHMGLHLLTVALESAP--VAQCQTLLGLIKDEMCRHLFQLLSVERLNLYAASLRVCFLLFESMR 522
            |:|.||.|||||.|.|.  :.:.:.||.|:||::||:|..|||.|||:::||.|::|||||||:|
  Fly   390 MMHTGLSLLTVAFEVAADNIGKYEGLLELVKDDLCRNLISLLSSERLSIFAADLQLCFLLFESLR 454

  Rat   523 EHLKFQLEMYIKKLMEIITVENPKMPYEMKEMALEAIVQLWRIPSFVTELYINYDCDYYCSNLFE 587
            .|||||||.|::||.|||..:|||.||||:|:||:.::||||||.||||||||||||.||:::||
  Fly   455 GHLKFQLEAYLRKLSEIIASDNPKTPYEMRELALDNLLQLWRIPGFVTELYINYDCDLYCTDMFE 519

  Rat   588 DLTKLLSKNAFPVSGQLYTTHLLSLDALLTVIDSTEAHCQAKVLNTLNQQEKKETARPGFEAVDG 652
            .||.||||.....:..:|:||::|:|.||:||||.|.:|.|. .|:.|.:|....|.|   |..|
  Fly   520 SLTNLLSKYTLSATNAVYSTHIISMDTLLSVIDSIERNCAAS-KNSSNNRESLPEAAP---ATGG 580

  Rat   653 SPDTYKSERAASDGKATGVPSDAPGLHFSSGGWLSTEHGKPGCSDLEEA---------GDSGVDK 708
            |..:..:             |...|:...||..::.|......:....|         |..||..
  Fly   581 SRHSRHN-------------SGLEGIVIDSGNSVAAEEKVENIASFINASSHRLRLQSGGEGVGI 632

  Rat   709 KTTRKPPRFSCLLPDPRELIEIKNKKKLLITGTEQFNQKPKKGIQFLQEKGLLTIPMDNTEVAQW 773
            .:              .:|.::|.||:||..|||:|||:|:||||:|||.|:|...:|..:||.:
  Fly   633 TS--------------EQLAKVKQKKRLLSQGTERFNQRPEKGIQYLQEHGILNAELDPMQVALF 683

  Rat   774 LRENPRLDKKMIGEFVSDRKNMD--LLESFVSTFSFQGLRLDEALRLYLEAFRLPGEAPVIHRLL 836
            |||||.||||||||::|.:||:|  :|.:||.:|.|.|||:|:|||||||.||||||||:|..:|
  Fly   684 LRENPGLDKKMIGEYISKKKNVDSKILINFVDSFDFTGLRVDQALRLYLETFRLPGEAPLIFLVL 748

  Rat   837 EVFTEHWRSCNGSPFANSDACFALAYAVIMLNTDQHNHNVRKQNAPMTLEEFRKNLKGVNGGKDF 901
            |.|::||...|..||||.||.|.||||:||||.||||.|.::.|.|||||:|.|||:|:|||:||
  Fly   749 EHFSDHWHKQNQDPFANVDAAFRLAYAIIMLNMDQHNSNAKRLNVPMTLEDFTKNLRGLNGGEDF 813

  Rat   902 EQDILEDMYHAIKNEEIVMPEEQTGLVRENYVWSVLLHRGATPEGIFLRVPPGSYDLDLFTMTWG 966
            :|::|..:::||||||||||.||||||||||.|.|||.||.|.:|.|..|...|||:::|.:.||
  Fly   814 DQEMLAQVFNAIKNEEIVMPAEQTGLVRENYQWKVLLRRGDTHDGHFHYVHDASYDVEIFNIVWG 878

  Rat   967 PTIAALSYVFDKSLEETIIQKAISGFRKCAMISAHYGLSDVFDNLIISLCKFTALSSESIENLPS 1031
            .:::|||::|||| .||..|:.::||.|.|.|||||.|...||.|:::|||||.|.|...::.|:
  Fly   879 ASLSALSFMFDKS-TETGYQRTLAGFSKSAAISAHYNLHSDFDALVLTLCKFTTLLSSVEQHEPA 942

  Rat  1032 V----------FGSNPKAHIAAKTVFHLAHRHGDILREGWKNIMEAMLQLFRAQLLPKAMVEVED 1086
            .          ||.|.||..|.:|||.|.|.:||.|||.||:|::..|||||.:||||:::||||
  Fly   943 PANNETQQAVNFGLNGKAQAAMRTVFLLVHDYGDCLRESWKHILDLYLQLFRLKLLPKSLIEVED 1007

  Rat  1087 FVDPNGKISLQREETPSNRGE----STVLSFVSWLTLSGPEQSSVRGPSTENQEAKRVALDCIKQ 1147
            |.:.|||..|..|: |..:.|    |::.||:|        ....|.|:.|.|:..::...|||:
  Fly  1008 FCEANGKAMLILEK-PREKQESGLFSSLYSFIS--------SEGQREPTYEEQDFIKLGRKCIKE 1063

  Rat  1148 CDPEKMITESKFLQLESLQELMKALVSVTPDEE-------TYDEEDAAFCLEMLLRIVLENRDRV 1205
            |..::|:.||||:||||||||:|.::::....:       .|.|:...|.:|.|::||:.||||:
  Fly  1064 CQLDQMLQESKFVQLESLQELLKCVLALLKAPQGHKSIGLPYAEDQTVFWMEFLVKIVVHNRDRM 1128

  Rat  1206 GCVWQTVRDHLYHLCVQAQD--FCFLVERAVVGLLRLAIRLLRREEISGQVLLSLRILLLMKPSV 1268
            ..:|..|||.:|.|.:.:..  :.:|:.|.:|.:|:|||.|:|.||:...||.||::||::||::
  Fly  1129 IPLWPAVRDQMYLLLMGSASCGYDYLLNRCIVAVLKLAIYLMRNEELCPIVLQSLKMLLMLKPAL 1193

  Rat  1269 LSRVSHQVAYGLHELLKTNAANIHSGDDWATLFTLLECIGSGVKPPDALQATARADAPDAGAQSD 1333
            |.|:|.|::.|::|||||:|.||||..||..:|.||||:|:|..||:...|.... .|:..|:||
  Fly  1194 LLRISKQISIGIYELLKTSAQNIHSEQDWQIIFNLLECVGAGAVPPNYDDAQLPL-PPNGSAKSD 1257

  Rat  1334 SELPSYHQNDVSLDRGYTSDSEVYTDHGRPGKMHRSATDADMANSGWLVVGKDDIDNSKPAAGLS 1398
            ..:..........:||||||||:......|.....||       ..|::|...|.:.:..:...|
  Fly  1258 GAISGEEDATAVPERGYTSDSEITKASAAPAVSSPSA-------ENWILVNNKDSELTTASRPQS 1315

  Rat  1399 RPGPS-PLVNQYSLTVGLDLGPHDTKSLLKCVESLSFIVRDAAHITPDNFELCVKTLRIFVEASL 1462
            .|..| |.||  :|.....|..|...:|.||.:||:||||..|||||.|||.||:.:||||||..
  Fly  1316 PPSLSAPPVN--TLVYNCQLLDHAPFALFKCWDSLAFIVRSVAHITPYNFEACVRCIRIFVEACR 1378

  Rat  1463 NGGCKSQDKRGKSHKYDSKGNRFKKKPKEGSMLRRPRASSQHATRA----------GHSDEEEDE 1517
            :||.:.:.|...:.|..|...|.::||...|     .|||.:.|..          |::.|:|| 
  Fly  1379 DGGIRQRRKLESAAKQKSSKKRSERKPGMAS-----SASSSNLTLLTGDPSDNQINGNAAEQED- 1437

  Rat  1518 GVPASYHTVSLQVSQDLLDLMHTLHTRAASIYSSWAEEQRHLETGGRKIEADSRTLWAHCWCPLL 1582
             :...|..:|:|    |||||:||:||.|.|:..||||       |..: ..|..||:..|||||
  Fly  1438 -LAQRYEQLSIQ----LLDLMYTLYTRTAQIFRWWAEE-------GCTV-PQSAALWSPGWCPLL 1489

  Rat  1583 QGIACLCCDARRQVRMQALTYL-QRALLVHDLQKLDALEWESCFNKVLFPLLTKLLENISPA--- 1643
            ||||.|..|.||:||..|::.| ||||||||||.|...||.|||::||||||.:||...:.|   
  Fly  1490 QGIARLAMDRRREVRTHAISCLQQRALLVHDLQTLSGTEWCSCFHQVLFPLLNELLPESNAAGQL 1554

  Rat  1644 DVGGMEETRMRASTLLSKVFLQHLSPLLSL-STFAALWLTILDFMDKYMHAGSSDLLSEAVPESL 1707
            |...:||:|:|.:|::||||||||:.|:.| :.|..|||.|||:::::|..| ||.|||.:.|.|
  Fly  1555 DAALLEESRIRTATIMSKVFLQHLTTLIELGNAFNELWLDILDYIERFMKVG-SDTLSEQMQEIL 1618

  Rat  1708 KNMLLVMDTAEIFHSADARGGSPSALWEITWERIDCFLPHLRDELFKQTVIQDPMPTEPHSQKPL 1772
            |||||||.:..:||:.|  |....||||:||.||..|||:|::|||             |.:...
  Fly  1619 KNMLLVMHSVRVFHNQD--GSLQQALWELTWRRIGEFLPNLKEELF-------------HDEGKR 1668

  Rat  1773 ASTHLTPAAGDPRMPGHPPPPEIPSEVGACDPEKPESTRAASSSSPGSPVASSPSKQSPA----- 1832
            |.|...||                                     |.:.||::|.:|.||     
  Fly  1669 AQTLTNPA-------------------------------------PQAAVAAAPQQQLPAVTILP 1696

  Rat  1833 ----------PEGPPPLAQPPLILQPLTSP-----LQVGVPPMTLPIILNPALIEATSPVPLLAT 1882
                      ...|.|.|..||:..|:.||     ||   |||...:...|:.:.|.   |::..
  Fly  1697 RQTQVSNELVVSAPTPPAATPLLGSPVESPRRSIILQ---PPMADVLQQPPSFVFAQ---PIIVP 1755

  Rat  1883 PRP---TDPIPTS 1892
            |:|   |||||.|
  Fly  1756 PQPPAVTDPIPPS 1768

Known Domains:


Indicated by green bases in alignment.

GeneSequenceDomainRegion External IDIdentity
Gbf1XP_006231558.1 Sec7_N 434..579 CDD:289549 92/146 (63%)
Sec7 733..918 CDD:279680 114/186 (61%)
garzNP_610761.2 COG5307 346..>1062 CDD:227623 372/756 (49%)
Sec7_N 370..512 CDD:289549 89/141 (63%)
Sec7 643..830 CDD:279680 114/186 (61%)


Information from Original Tools:


Tool Simple Score Weighted Score Original Tool Information
BLAST Result Score Score Type Cluster ID
Compara 1 0.930 - - C166342748
Domainoid 1 1.000 641 1.000 Domainoid score I157
eggNOG 1 0.900 - - E1_COG5307
Hieranoid 1 1.000 - -
Homologene 1 1.000 - - H37897
Inparanoid 1 1.050 1334 1.000 Inparanoid score I133
OMA 1 1.010 - - QHG55524
OrthoDB 1 1.010 - - D49474at33208
OrthoFinder 1 1.000 - - FOG0003083
OrthoInspector 1 1.000 - - oto97810
orthoMCL 1 0.900 - - OOG6_102130
Panther 1 1.100 - - LDO PTHR10663
Phylome 1 0.910 - -
SonicParanoid 1 1.000 - - X2055
SwiftOrtho 1 1.000 - -
TreeFam 1 0.960 - -
1615.770

Return to query results.
Submit another query.