DRSC/TRiP Functional Genomics Resources

powered by:
logo

back to: DIOPT - Ortholog Prediction Tool / DIOPT for Diseases and Traits


Protein Alignment Dscam4 and Dscaml1

DIOPT Version :9

Sequence 1:NP_001261571.1 Gene:Dscam4 / 2769008 FlyBaseID:FBgn0263219 Length:1935 Species:Drosophila melanogaster
Sequence 2:NP_001101611.1 Gene:Dscaml1 / 315615 RGDID:1304887 Length:2111 Species:Rattus norvegicus


Alignment Length:1942 Identity:620/1942 - (31%)
Similarity:932/1942 - (47%) Gaps:214/1942 - (11%)


- Green bases have known domain annotations that are detailed below.


  Fly    34 FLHEPPHRVEFSNNSGGLIECSGHGSPPPEVEWTPIPPQQDMVFQL-------SNGSMMFYPFTA 91
            |:::....|.||::.|.::.|...|||...:.|  .....|.::.:       :||::..|||:.
  Rat    85 FVNDSLQHVTFSSSVGVVVPCPAAGSPSAALRW--YLATGDDIYDVPHIRHVHANGTLQLYPFSP 147

  Fly    92 EKYRHEVHATVYRCKLRNLVGTVLSREVHVRGVVNQKYAVQVHDEYVMTGNTAVLKCQVPSYMSE 156
            ..:...:|...|.|...|..|.:.|..:.::.|..:.|.|:|.|:..|.||.||.||.:||.:.|
  Rat   148 SAFNSFIHDNDYFCTAENAAGKIRSPNIRIKAVFREPYTVRVEDQRSMRGNVAVFKCLIPSSVQE 212

  Fly   157 FVLVTAWVQDTGMHLYPNTDIGGKYTVLSNGELYINNAGPNDAYKSYTCRTVNRLTGEVQISTYP 221
            :|.|.:|.:|| :.:.|.    .::.:.|:|.|||::....||..:|.|.|.::.:||.:.|. .
  Rat   213 YVSVVSWEKDT-VSITPE----NRFFITSHGGLYISDVQKEDALSTYRCITQHKYSGETRQSN-G 271

  Fly   222 GRIIVTEPKGMVQPRINVEKHSMR----HVVLNGQTTLPCIAQGHPVPTYRWFKEENEQLLPLQL 282
            .|:.||:|...: |.|....||..    |.|     .|||.|.|:|:|..||.|:........:.
  Rat   272 ARLSVTDPAESI-PTILDGFHSQEVWTGHAV-----ELPCAASGYPIPAIRWLKDGRPLPADSRW 330

  Fly   283 SERITIVSAGLLKITKARLEDSGKYLCWVNNTAGEETIQVSLTVTAPLTAHLQPQVQTVDVDKDA 347
            ::|||    | |.|:..|.||||.|:|.|.||.|.......|||..||...|.|:.....:....
  Rat   331 AKRIT----G-LTISDLRTEDSGTYICEVTNTFGSAEANGVLTVIDPLHVTLTPKKLKTGIGSTV 390

  Fly   348 QFQCIVSGHPVHDVNWLHDGKPILRDNRVEI--LTDPPRLIIKKVQKEDPGMYQCFVSNEWEQIQ 410
            ...|.::|.|...:.|..:.:.:|....:.|  |:: ..|:|...||...|.||||.:.:.:..|
  Rat   391 ILSCALTGSPEFTIRWYRNTELVLPGEAISIRGLSN-ETLLISSAQKSHSGAYQCFATRKAQTAQ 454

  Fly   411 STAELQLGDASPELLYWFSEQTLQPGPTVSLKCVATGNPLPQFTWSLDGFPIPDSSRFLVGQYVT 475
            ..|.:.|.|.:|.::..|||:.:.||...||.|.|.|.|.|..||:||..|:.........||..
  Rat   455 DFAIIVLEDGTPRIVSSFSEKVVNPGEQFSLMCAAKGAPPPTVTWALDDEPVVRDGSHRTNQYTM 519

  Fly   476 IHDDVISHVNISNVKEEDGGEYTCTAQNAIGKVSHSAKVNIYGLPYIREMPKITGISGSDLIVKC 540
            .....|||:|::..:..|||.|.|||:|::|...:.|::|:.|.|.||.|..||.::|.|.::.|
  Rat   520 SDGTTISHMNVTGPQIRDGGVYRCTARNSVGSAEYQARINVRGPPSIRAMRNITAVAGRDTLINC 584

  Fly   541 PVAGYPIDKIHWERDGQTLPINRRQRAYNNGTLIIEQLQRLEDAGTYTCMAQNKQKQTSRRNVEI 605
            .|.|||...|.|.:|...||.|.||..:.||||.:..:|:..|.|.|.|....:.:.:..::|.:
  Rat   585 RVIGYPYYSIKWYKDALLLPDNHRQVVFENGTLKLTDVQKGMDEGEYLCSVLIQPQLSISQSVHV 649

  Fly   606 QVLVPPKIMPIQAMTNMLREGMRAAISCQILEGDLPVSFRWERNGKPLIGTGNEVFRRLDEYSAS 670
            .|.|||.|.|.:.....:  |....|.|.:..||:|:...|.::|:.:| :|:.|.....|:.:|
  Rat   650 AVKVPPLIQPFEFPPASI--GQLLYIPCVVSSGDMPIRITWRKDGQVII-SGSGVTIESKEFMSS 711

  Fly   671 LVIEHISSDHSGNYTCIASNVAGTERFTVPLTVNVPPKWILEPKDSSAQAGADVLLHCQSSGYPT 735
            |.|..:|..|:|||||||||.|.|......|.|.|||:::::|.:.....|...:|:|...|||.
  Rat   712 LQISSVSLKHNGNYTCIASNAAATVSRERQLIVRVPPRFVVQPNNQDGIYGKAGVLNCSVDGYPP 776

  Fly   736 PTITWKKAIGP-TPGEYKDFLYEPTVQLFPNGTIFFKKISKESQGHFLCEAKNNIGSGVSKVIFL 799
            |.:.||.|.|. .|.:|........:|:.||.::..:.:.:|..|::||:|.|.:|:.:||.:||
  Rat   777 PKVMWKHAKGSGNPQQYHPVPLTGRIQILPNSSLLIRHVLEEDIGYYLCQASNGVGTDISKAMFL 841

  Fly   800 KVNVPAHFQTKTKQISVAKGKQVHVQCNVQGDNPIDFKWKIQATQQYLDESLDSRYTIRDQVLDD 864
            .|.:||...:........||....:.|..:|:.||..:|:...|  .:|.....||.|..:...|
  Rat   842 TVKIPAMITSHPNTTIAIKGHAKELNCTARGERPIIIRWEKGDT--VIDPDRVMRYAIATKDNGD 904

  Fly   865 GMVSELGISHTYRQDTGIYICQASNAFGQDEMSIQLIVQEVPEQPKNLRINSQQSRSLQLTWSQP 929
            .:||.|.:....|.|:..:.|.|.|::|:|...|||.|||.|:.|: |.|...::||:.|.|:|.
  Rat   905 EVVSTLKLKPADRGDSVFFSCHAINSYGEDRGLIQLTVQEPPDPPE-LEIREVKARSMNLRWTQR 968

  Fly   930 FAGNSPIEEYHIYYKQISDIW---QNAEHL--TIAGAQTVINIQQLRPAKAYHIRMSAENKLGAS 989
            |.|||.|..:.|.||..||.|   |:..::  ||..|    ||..|.||..|.|||.:.||:|.|
  Rat   969 FDGNSIITGFDIEYKNKSDSWDFKQSTRNISPTINQA----NIVDLHPASVYSIRMYSFNKIGRS 1029

  Fly   990 EFSEVVQVTTLEEVPSGPPLAVRAEPKSSTEIFVTWDAPERDHWNGILLGYYVGYQMSLTPEDKE 1054
            |.|:.:.::|.|..|.|||:.|..:|.:|..|.|||.||:::..|||:.||.:||        :|
  Rat  1030 EPSKELTISTEEAAPDGPPMDVTLQPVTSQSIQVTWKAPKKELQNGIIRGYQIGY--------RE 1086

  Fly  1055 VNPTQGFSFKTVEVRSHFGGET-VLANLNKFTQYHVIVQAYTSQGSGPPSKEIAVQTMEDVPSSP 1118
            .:|.....:..||:::....|. .|.||.||.||.|:|||:...|:||.|.||...|:|||||.|
  Rat  1087 NSPGSNGQYSIVEMKATGDSEVYTLDNLKKFAQYGVVVQAFNRAGTGPSSSEINATTLEDVPSQP 1151

  Fly  1119 PESPQCDVLGSTSIYITWSPPDIDGQNGKIKGYKVFYISVDELYET----DPEVVKSTNQYVTIE 1179
            ||:.:...:.|....|:||.|.....||.:|||:|.:.|   ||..    :.:.|.:|.:.|.:.
  Rat  1152 PENVRALSITSDVAVISWSEPPRSTLNGVLKGYRVIFWS---LYVDGEWGEMQNVTTTRERVELR 1213

  Fly  1180 NLRKYTNYTVWVLAYTKVGDGMKTKPFYCRTHEDVPSAPQAIKAIPASSSKIIISWLPPDLPNGD 1244
            .:.|:|||:|.|||||:.|||:::...|.:|.||||..|..|||:|:|:|.:::|||||..|||.
  Rat  1214 GMEKFTNYSVQVLAYTQAGDGVRSSVLYIQTKEDVPGPPAGIKAVPSSASSVVVSWLPPTKPNGV 1278

  Fly  1245 ITGYTFYMSMLEGGR----EEGTHKRLLGPFVEMHETVRTQESATYQFWLTASTKMGEGEKTQVV 1305
            |..||.:.|....|:    |..|....|  |..:....|.|:   |..|:.|.|..|.|..::.|
  Rat  1279 IRKYTIFCSSPGSGQPAPSEYETSPEQL--FYRIAHLNRGQQ---YLLWVAAVTSAGRGNSSEKV 1338

  Fly  1306 TVPPNNKVPARIVSFSQRIVTPWKEHLELPCRKVGAPAPVTIWRQDGHN----METSARKTIAKN 1366
            |:.|..|.||:|:||...:.|||.:.:.|||..||.|||...|.:|..:    :.....:.|..|
  Rat  1339 TIEPAGKAPAKIISFGGTVTTPWLKDVRLPCNSVGDPAPAVKWTKDSEDSAIPVSLDGHRLIHTN 1403

  Fly  1367 GTLYMKECQASDAGNYTCSVENTWGKDEIVYNIVVKVPPEAPNLTVINAYTDSLLLEWMDNSHGG 1431
            |||.::..:|.|:|.|||:..||.|.|.|:.|::|:|||:.|.|||......|:.|.|:...:||
  Rat  1404 GTLLLRAVKAEDSGYYTCTATNTGGFDTIIVNLLVQVPPDQPRLTVSKTSASSITLTWIPGDNGG 1468

  Fly  1432 SPILGYVINYKRDNG-DWEELQVDSKTTSHLLTNLWCGTRYQLYITAYNKIGTGLPCDIVNSYTK 1495
            |.|.|:|:.|..||. :|:::.:.|...|..|.:|.|||.|::.:.|.|.:|:|...:|:.:.|.
  Rat  1469 SSIRGFVLQYSVDNSEEWKDVFISSSERSFKLDSLKCGTWYKVKLAAKNSVGSGRISEIIEAKTH 1533

  Fly  1496 GNPPVQPKHSQMITN-NSTSVTCWLDSWGDGGCGILYFMIESRVYGRSSWAVVSNHIPPTERIYT 1559
            |..|...|...:.|: |||.....|..|.:|||.|...::|.|..|..:|..|..: ..||...|
  Rat  1534 GREPSFSKDQHLFTHINSTHARLNLQGWNNGGCPITAIVLEYRPKGTWAWQGVRAN-SSTEVFLT 1597

  Fly  1560 VSDLVPGTKYQLKVTAHNNAGSTTAIYNFTTLSTQGVIYNNDHSTPVSHLSDLPFYAN------- 1617
              :|...|.|:|::.|.|:||.......|.||...|              |.:|...:       
  Rat  1598 --ELREATWYELRMRACNSAGCGNETAQFATLDYDG--------------STIPPIKSAQGEGDD 1646

  Fly  1618 ----FKLLLPICFSLLMLLALIGAALFLRKRKLASQARLASSSMSESPSLAN-LQNKQNRDQQYL 1677
                |.:..|:      :||.:|.||....||...:.||  ..:.::.|||. |.:|.||...  
  Rat  1647 VKKLFTIGCPV------ILATLGVALLFVVRKKRKEKRL--KRLRDAKSLAEMLISKNNRSFD-- 1701

  Fly  1678 AVRCNPGTSAPRGSNSN-----------DSGSFGKAEGNEYIEDICPYATFQLNKQTYSESSYSG 1731
                .|....|:|...:           |.      ||.:.:.|  ..||..:....:|::    
  Rat  1702 ----TPVKGPPQGPRLHIDIPRVQLLIEDK------EGIKQLGD--DKATIPVTDAEFSQA---- 1750

  Fly  1732 NVYSGPYHSVRGSFVYH--------------DVKP----------ESYHSKEPEY------TKVR 1766
               ..|.....|..::|              |::|          :|.||....|      ||.:
  Rat  1751 ---VNPQSFCTGVSLHHPALIQSTGPLIDMSDIRPGTNPVSRKNVKSAHSTRNRYSSQWTLTKCQ 1812

  Fly  1767 ------------RKVGRLR-------DPHSESQESDNPGSTDSEVRKILTLHIPITEYDTLGSES 1812
                        |.||...       |.:|.|...|    ||.....:::.....:.|:.|....
  Rat  1813 ASTPARTLTSDWRTVGSQHGVTVTESDSYSASLSQD----TDKGRNSMVSTESASSTYEELARAY 1873

  Fly  1813 DNDVSARALNSAKYRAQRDTQDETSSSSETTPT-----SMTRKSKPPFAARKGGKPG 1864
            ::......|..||:........::||...||.|     |||..|.|       .:||
  Rat  1874 EHAKLEEQLQHAKFEITECFISDSSSDQMTTGTNENADSMTSMSTP-------SEPG 1923

Known Domains:


Indicated by green bases in alignment.

Software error:

Illegal division by zero at /www/www.flyrnai.org/docroot/cgi-bin/DRSC_prot_align.pl line 591.

For help, please send mail to the webmaster (ritg@hms.harvard.edu), giving this error message and the time and date of the error.

GeneSequenceDomainRegion External IDIdentity
Dscam4NP_001261571.1 Ig 31..124 CDD:416386 22/96 (23%)