DRSC/TRiP Functional Genomics Resources

powered by:
logo

back to: DIOPT - Ortholog Prediction Tool / DIOPT for Diseases and Traits


Protein Alignment ABCA12 and abca12

DIOPT Version :10

Sequence 1:XP_011509253.1 Gene:ABCA12 / 26154 HGNCID:14637 Length:2598 Species:Homo sapiens
Sequence 2:XP_686632.6 Gene:abca12 / 558335 ZFINID:ZDB-GENE-030131-9790 Length:5913 Species:Danio rerio


Alignment Length:2620 Identity:1129/2620 - (43%)
Similarity:1579/2620 - (60%) Gaps:249/2620 - (9%)


- Green bases have known domain annotations that are detailed below.


Human   135 SLATVFPSPSSDLEIPGTYTFNGSQVLARILGLEKL--LKQNSTSEDIRRELC------------ 185
            :|...:|   .|:|.....|...|..|.::|||..:  |....:.|::.|.|.            
Zfish  3384 ALLEAYP---EDIEKVTRSTVMISDSLIQLLGLSNISALPNGQSVEEVTRPLILSSAVATHILFN 3445

Human   186 DSYSGYIVDDAFSWTFLGRNVFNKF---------------------CLSNMTLLESSLQELNKQF 229
            .|.|.|.:........|....||:.                     .|||:    ||..|:...|
Zfish  3446 LSRSNYSLSSNVEKDMLLTQTFNQMMGVLPGESHVYLFAIKSALFDALSNV----SSTSEIQSHF 3506

Human   230 SQLSSDPNNQKIVFQEIVRMLS---------------FFSQVQEQKAVWQLLSSFPNVFQNDTSL 279
            .::|      :||.|.::..|:               ....|..|.:    :|.:..:..|.:.|
Zfish  3507 PEIS------QIVTQSLLNSLNITYDPKSMTPDGIVYILMTVSNQVS----MSLYEGLMLNGSPL 3561

Human   280 SNLFDVLRKANSVLLVVQKVYP-----------------RFATNEG--FRTLQKSVK-------- 317
             .:.:|:...|.|...:..:.|                 .||.|:.  |..|:.:|.        
Zfish  3562 -QISEVVNSLNEVAFTLYSILPVEGRMYINITLNLMETLDFALNDNNTFGDLEGAVSQVVNSVNV 3625

Human   318 ------HLLYTLDSPAQGDSD----NITHVWNEDDGQTLSPSSLAAQLL---------------- 356
                  |:..:..|...||.:    .|..:...|.......:.:..|||                
Zfish  3626 LLDMVPHINTSYSSSIIGDLEQTLKTILMIIQADQSPVSQTADITQQLLQTIQNLITLGNSSSVE 3690

Human   357 ---------ILENFEDALLNIS---------------ANS--PYIPYLACVRNVTDSLARGSPEN 395
                     ...|..|.||.::               |||  ..:||.:.::....|||..|.||
Zfish  3691 PELAKIVLGAASNDIDPLLGMNDTNWTDKLSVLVTNFANSLPDDLPYSSFIKTTMRSLANESQEN 3755

Human   396 LRLLQSTIRFKKSFL----RNGSYEDYFPPVPEVLKSKLSQLRNLTELLCESETFSLIEKSCQLS 456
            |.||...:.....|:    .|||..       ::|.|.|:|       :|..|..:.:::..|..
Zfish  3756 LHLLLQVLNTSLEFVSANGANGSSS-------QILDSLLTQ-------VCALENMTSVQQISQFL 3806

Human   457 DMSFGSLCEESEFDLQLLEAAELGTEIAASLLYHDNVISKKVRDLLTGDPSKINLNMD--QFLEQ 519
            .:....||:      .::.|.:....:..||..|...|...:.....||.|..|..:|  ..|.|
Zfish  3807 PLGPRLLCD------TVVPAVQAVYVLTTSLGNHSVNIYDLIFQTFIGDLSTYNTGVDWTSILSQ 3865

Human   520 ALQMNYLENITQLIPIIEAMLHVNNSADASEKPGQLLEMFKNVEELKEDLRRTTGMSNRTIDKLL 584
            .:..    |::.|     ..:.:|.::.|..|..:||   ||.....||:.|.|......:..:|
Zfish  3866 IVGF----NVSSL-----KTISINITSPAEVKVSELL---KNTTLFVEDVERYTSFPPGVLQTVL 3918

Human   585 AIPIPDNRAEIISQVFWLHSCDTNITTPKLEDA----MKEFCNLSLSERSRQSYLIGLTLLHYLN 645
            ..|:|.:..:|:..:..|..| ::.::.:|:.|    ...||:|     |...|.|.:..|.:::
Zfish  3919 DSPLPSSNMQILVWLANLQQC-SDPSSLQLDPAGQAMFSAFCDL-----SDDWYTISILFLRHMD 3977

Human   646 IYNFTYKVFFPRKDQKPVEKMMELFIRLKEILNQMASGTHPLLDKMRSLKQMHLPRSVPLTQAMY 710
            .....:::...:..|..|..|:|:...|..::|::....:.|.:.:.::.|::|..:... ..:.
Zfish  3978 TKAILFRLMLSQDIQDLVATMLEMVKFLTNMMNKLVPAINKLQEYLTNIGQLNLVANQEF-HGLV 4041

Human   711 RSNRMN-TPQGSFSTISQALCSQGITTEY-------LTAMLPSSQRPKGNHTKDFLTYKLTKEQI 767
            |..|.. :.:.:|:|:|:|||..||.|.:       :||..||.|   .:|         .:|::
Zfish  4042 RGKRSTISSKATFNTLSRALCKNGILTLFAITKVPIVTAADPSVQ---SDH---------KREEL 4094

Human   768 ASKYGIPINSTPFCFSLYKDIINMPAGPVIWAFLKPMLLGRILYAPYNPVTKAIMEKSNVTLRQL 832
            ..|:.||.:::|||.||:.|::|...|.|.||||||||||:|||:|..|:|:.||.|||.:|.|.
Zfish  4095 IEKFKIPHDASPFCMSLFLDMVNTTGGAVAWAFLKPMLLGQILYSPDTPMTREIMRKSNSSLHQF 4159

Human   833 AELREKSQEWMDKSPLFMNSFHLLNQAIPMLQNTLRNPFVQVFVKFSVGLDAVELLKQIDELDIL 897
            .:|:..:.||::.|...:.|.::|.|.:|:|:|:|.:||||.|::...|:|...:...:::...:
Zfish  4160 GDLKLYASEWIESSSYVLQSANILTQTLPILKNSLNSPFVQNFIRTQTGIDVSGMSATLNQFSNM 4224

Human   898 RLKLENNIDIIDQLNTLSSLTVNISSCVLYDRIQAAKTIDEMEREAKRLYKSNELFGSVIFKLPS 962
            .:.||.|..|:||:.|||.|.:|:||||.:||.:...:.||::::|::|.::.||:.|:|||||.
Zfish  4225 TVLLEKNKFIMDQITTLSVLMMNLSSCVNFDRYRGFNSTDELDKQAEKLAQNRELYASIIFKLPK 4289

Human   963 NRSWHRGYDSGNVFLPPVIKYTIRMSLKTAQTTRSLRTKIWAPGPHNSPSHNQIYGRAFIYLQDS 1027
            ..|         ..|||.|.|||||:::....|...|...|....:.|.:..|.|.|.|:|||:|
Zfish  4290 ENS---------SSLPPNIDYTIRMNIENVMRTDRARNPFWVKDAYISATRTQRYSRGFVYLQES 4345

Human  1028 IERAIIELQTGRNSQEIAVQVQAIPYPCFMKDNFLTSVSYSLPIVLMVAWVVFIAAFVKKLVYEK 1092
            |||||||:|||......|||:||.||||:.||.:|.|::::.|:.||::||:|||.||||||:|:
Zfish  4346 IERAIIEMQTGNAMDGPAVQMQAFPYPCYYKDEYLNSIAFAFPMALMISWVLFIAHFVKKLVHER 4410

Human  1093 DLRLHEYMKMMGVNSCSHFFAWLIESVGFLLVTIVILIIILKFGNILPKTNGFILFLYFSDYSFS 1157
            :|||||||||||||..||||||||||..|||||::||.||||.|.|||:::||:||||..||.||
Zfish  4411 ELRLHEYMKMMGVNPISHFFAWLIESGAFLLVTVIILTIILKAGGILPRSDGFVLFLYLCDYGFS 4475

Human  1158 VIAMSYLISVFFNNTNIAALIGSLIYIIAFFPFIVLVTVENELSYVLKVFMSLLSPTAFSYASQY 1222
            |:|:|:|:|.||:.||||.|.|||||:|:|||||||:.:|:.||:.:|..:||.|||.|||||||
Zfish  4476 VLAVSFLVSSFFDKTNIAGLSGSLIYVISFFPFIVLIHLEDNLSFSVKSALSLFSPTCFSYASQY 4540

Human  1223 IARYEEQGIGLQWENMYTSPVQDDTTSFGWLCCLILADSFIYFLIAWYVRNVFPGTYGMAAPWYF 1287
            |||||:|..|:||.|||.||:..||:||||||.|:|.||.:||:|..|:|.||||.||:|.||||
Zfish  4541 IARYEKQEEGIQWSNMYISPLAGDTSSFGWLCWLLLIDSLVYFIIGIYIRMVFPGKYGIAVPWYF 4605

Human  1288 PILPSYWKERFGCAEVKPEK-SNGLMFTNIMMQNTNPSASKTSPEYMFSSNIEPEPKDLTVGVAL 1351
            |:..|:|.:.|.|....|:| ..||:|||:|...::.:.||.....:...  |.:...|.|||:|
Zfish  4606 PVTKSFWTDMFSCCSKTPKKIGRGLLFTNMMQDQSSMNKSKGKGSLVAKG--EEDFSGLPVGVSL 4668

Human  1352 HGVTKIYGSKVAVDNLNLNFYEGHITSLLGPNGAGKTTTISMLTGLFGASAGTIFVYGKDIKTDL 1416
            :|:||.||.:.|||||||:|||||:|||||.||||||||:|:|||||..:.|||.|||.|::..:
Zfish  4669 YGLTKTYGKRNAVDNLNLSFYEGHVTSLLGHNGAGKTTTMSLLTGLFAPTVGTIEVYGMDMQMFI 4733

Human  1417 HTVRKNMGVCMQHDVLFSYLTTKEHLLLYGSIKVPHWTKKQLHEEVKRTLKDTGLYSHRHKRVGT 1481
            ..|||.||||||:||||.:||||||||||..||.|||||:::.|:|.:.|.:|.:::||||||||
Zfish  4734 DDVRKEMGVCMQYDVLFDHLTTKEHLLLYAQIKAPHWTKQEVKEQVHKILMETDMHAHRHKRVGT 4798

Human  1482 LSGGMKRKLSISIALIGGSRVVILDEPSTGVDPCSRRSIWDVISKNKTARTIILSTHHLDEAEVL 1546
            ||||||||||||||.|||||:|:||||:|||||||||||||:|.::|..||||||||||||||||
Zfish  4799 LSGGMKRKLSISIAFIGGSRLVVLDEPTTGVDPCSRRSIWDIIIQHKQERTIILSTHHLDEAEVL 4863

Human  1547 SDRIAFLEQGGLRCCGSPFYLKEAFGDGYHLTLTKKKSPNLNANAVCDTMAVTAMIQSHLPEAYL 1611
            ||||||||:|||:|||||||||:....||:||||||.. ..::....|...:...|.||||:|..
Zfish  4864 SDRIAFLERGGLKCCGSPFYLKDKLAKGYNLTLTKKVE-TADSKEKFDYEKLRDFIHSHLPDARQ 4927

Human  1612 KEDIGGELVYVLPPFSTKVSGAYLSLLRALDNGMGDLNIGCYGISDTTVEEVFLNLTKESQKNSA 1676
            |:...|:|||.|||::.:.:..|.|||.:||..:..|::|||||||||:|||||.||::..:...
Zfish  4928 KDREMGDLVYALPPYTPQNASEYHSLLNSLDQNLDKLHLGCYGISDTTLEEVFLQLTRDDLEPKE 4992

Human  1677 MSLEHLTQKKIGNSNANGISTPDDLSVSSSNFTDRDDKILTRGERLDGFGLLLKKIMAILIKRFH 1741
            .....:::..|.|   :..::.|.||...::....:...||....:.||.|.:::::|:|:||.|
Zfish  4993 SETWSVSESVIEN---DMFASRDSLSEDCNSMYLGEKASLTGNSTVRGFALGVQRVIAMLLKRVH 5054

Human  1742 HTRRNWKGLIAQVILPIVFVTTAMGLGTLRNSSNSYPEIQISPSLYGTSEQTAFYANYHPSTEAL 1806
            |:||:||||.:||:||::||..|||||::::....:|||.:||:||...||.||::|.:|:|..|
Zfish  5055 HSRRDWKGLFSQVLLPVLFVIAAMGLGSIKSDLQHFPEIVLSPALYHVDEQYAFFSNQNPNTSRL 5119

Human  1807 VSAMWDFPGIDNMCL-NTSDLQCLNKDSL--EKWNTSGEPITNFGVCSCSENVQECPKFNYSPPH 1868
            |..|..:||||::|: :.:|..|..:.|.  :.|.:.|.....|..|.||..||.||...|.||.
Zfish  5120 VDTMMSYPGIDHVCMTDPTDPVCKGRPSTGSQTWVSGGNSSATFTTCKCSNQVQSCPAQGYDPPR 5184

Human  1869 RRTYSSQVIYNLTGQRVENYLISTANEFVQKRYGGWSFGLPLTKDLRFDITGVPANRTLAKVWYD 1933
            :|..|||::|||||..:||||::|||.|::.|||||.||.||..||:.|:..|||||||:||||:
Zfish  5185 KRCPSSQIVYNLTGVNIENYLLATANNFIRDRYGGWEFGKPLPIDLKMDMLDVPANRTLSKVWYN 5249

Human  1934 PEGYHSLPAYLNSLNNFLLRVNMSKYDAARHGIIMYSHPYPGVQDQEQATISSLIDILVALSILM 1998
            .||:||:||||||||||.||.::......::.|.:.||||||....|...:..|:.|||||.:|.
Zfish  5250 SEGHHSMPAYLNSLNNFFLRSSLPPEKRYQYAISISSHPYPGQVQDEDLMVGGLVSILVALCVLT 5314

Human  1999 GYSVTTASFVTYVVREHQTKAKQLQHISGIGVTCYWVTNFIYDMVFYLVPVAFSIGIIAIFKLPA 2063
            |||:.|||||.|.|:||.|.:|:||.||||....||:.||.|||..|::||..|:.::|.|:|||
Zfish  5315 GYSIMTASFVIYEVQEHHTGSKRLQQISGISEPFYWIINFFYDMALYMIPVVLSVVMVAAFQLPA 5379

Human  2064 FYSENNLGAVSLLLLLFGYATFSWMYLLAGLFHETGMAFITYVCVNLFFGINSIVSLSVVYFLSK 2128
            |....||.||:|||:|||::||.|||||:.:|.:|.||||.|||:|||..:|:|:|.|::|||.:
Zfish  5380 FTERQNLAAVTLLLVLFGFSTFPWMYLLSAMFKDTEMAFIGYVCINLFISVNTIISTSIIYFLGQ 5444

Human  2129 EKPNDPTLELISETLKRIFLIFPQFCFGYGLIELSQQQSVLDFLKAYGVEYPNETFEMNKLGAMF 2193
            ...||.:::.|.:|:..|||:||||.||.||:||::....:..|..:||:.....|.|:.||.||
Zfish  5445 LNQNDQSIQNIYQTMSNIFLVFPQFSFGNGLMELARVDMQVQILSGFGVDAYKNPFSMDVLGWMF 5509

Human  2194 VALVSQGTMFFSLRLLINESLIKKLRLFFRKFNSSHVRETIDEDEDVRAERLRVESGAAEFDLVQ 2258
            :::..||.:.|:||||:|::|::|:|..|....::....:.:|||||..|||||..|.|..|::|
Zfish  5510 ISMFLQGFICFTLRLLLNKTLLRKVRRLFCWKRNAVQSYSPNEDEDVLDERLRVGRGDASSDILQ 5574

Human  2259 LYCLTKTYQLIHKKIIAVNNISIGIPAGECFGLLGVNGAGKTTIFKMLTGDIIPSSGNILIRNKT 2323
            :..|||.||...|::.||.::|:||||||||||||||||||||.||||||||.||.|:..||:..
Zfish  5575 VNHLTKVYQNFSKRVQAVKSLSVGIPAGECFGLLGVNGAGKTTTFKMLTGDISPSGGSAKIRDID 5639

Human  2324 GSLGHVD-----SHSSLVGYCPQEDALDDLVTVEEHLYFYARVHGIPEKDIKETVHKLLRRLHLM 2383
            |.:  ||     .....:|||||.||||||:|.|||||||||:.||.::||.:.|:.||::|.|.
Zfish  5640 GRM--VDIIDCRREGINIGYCPQVDALDDLLTGEEHLYFYARIRGISKRDISQVVNYLLKKLQLN 5702

Human  2384 PFKDRATSMCSYGTKRKLSTALALIGKPSILLLDEPSSGMDPKSKRHLWKIISEEVQNKCSVILT 2448
            ..::..:...|.||:|||||||||||.|.|||||||||||||:|||||||||||:|..||:|:||
Zfish  5703 YHRNNTSESYSCGTRRKLSTALALIGNPQILLLDEPSSGMDPRSKRHLWKIISEQVMGKCAVVLT 5767

Human  2449 SHSMEECEALCTRLAIMVNGKFQCIGSLQHIKSRFGRGFTVKVHLKNNKVTMETLTKFMQLHFPK 2513
            ||||||||||||||||||.|:|:|:|||||||:|||.|||||::|......::.::.|||.:||.
Zfish  5768 SHSMEECEALCTRLAIMVKGQFRCLGSLQHIKNRFGSGFTVKMYLTGASYDVDMISNFMQQNFPG 5832

Human  2514 TYLKDQHLSMLEYHVPVTAGGVANIFDLLETNKTALNITNFLVSQTTLEEVFINFAKDQKSYETA 2578
            |.|||.|.:|:||||||..||||:||.|||:|||.|.|.:|.||||||:|||||||       ||
Zfish  5833 TCLKDNHSNMVEYHVPVAPGGVASIFSLLESNKTVLQIKHFSVSQTTLDEVFINFA-------TA 5890

Human  2579 DTSSQGSTISVDSQDDQMES 2598
            ...:.|...:..|..|.::|
Zfish  5891 KVDTDGLEATEGSDIDSLDS 5910

Known Domains:


Indicated by green bases in alignment.

GeneSequenceDomainRegion External IDIdentity
ABCA12XP_011509253.1 rim_protein 7..>86 CDD:130324
rim_protein 752..2579 CDD:130324 972/1835 (53%)
abca12XP_686632.6 rim_protein 4..>93 CDD:130324
COG5412 <2412..2813 CDD:444167
rim_protein 4105..5897 CDD:130324 968/1815 (53%)
Blue background indicates that the domain is not in the aligned region.

Return to query results.
Submit another query.