DRSC/TRiP Functional Genomics Resources

powered by:
logo

back to: DIOPT - Ortholog Prediction Tool / DIOPT for Diseases and Traits


Protein Alignment NUP188 and nup188

DIOPT Version :10

Sequence 1:NP_056169.1 Gene:NUP188 / 23511 HGNCID:17859 Length:1749 Species:Homo sapiens
Sequence 2:XP_001923018.1 Gene:nup188 / 559225 ZFINID:ZDB-GENE-030131-7184 Length:1732 Species:Danio rerio


Alignment Length:1751 Identity:1245/1751 - (71%)
Similarity:1454/1751 - (83%) Gaps:35/1751 - (1%)


- Green bases have known domain annotations that are detailed below.


Human     9 CVRSSRELWTILLGRSALRELSQIEAELNKHWRRLLEGLSYYKPPSPSSAEKVKANKDVASPLKE 73
            |||||||||:||||||||||.:|||.|||::|.|||:|||:||.||.|:|:|:||:||....||:
Zfish     7 CVRSSRELWSILLGRSALREPAQIEDELNRNWERLLQGLSFYKQPSTSAADKLKADKDTPQALKD 71

Human    74 LGLRISKFLGLDEEQSVQLLQCYLQEDYRGTRDSVKTVLQDERQSQALILKIADYYYEERTCILR 138
            .||||||.|||||:||||:|||||||||||||:::|.|||||||||||:|||||||||||.|:||
Zfish    72 FGLRISKLLGLDEQQSVQVLQCYLQEDYRGTRNTLKAVLQDERQSQALLLKIADYYYEERLCVLR 136

Human   139 CVLHLLTYFQDERHPYRVEYADCVDKLEKELVSKYRQQFEELYKTEAPTWETHGNLMTERQVSRW 203
            |||||||||||||||||.||::||.||||:|||.||||||.|.|:||||||||||||||||||||
Zfish   137 CVLHLLTYFQDERHPYRAEYSNCVSKLEKDLVSNYRQQFETLSKSEAPTWETHGNLMTERQVSRW 201

Human   204 FVQCLREQSMLLEIIFLYYAYFEMAPSDLLVLTKMFKEQGFGSRQTNRHLVDETMDPFVDRIGYF 268
            |||||:||::||||:|||||||||:|:||...|::|||||||.|||||||||::||..|:|||||
Zfish   202 FVQCLKEQALLLEILFLYYAYFEMSPNDLCTFTRLFKEQGFGQRQTNRHLVDKSMDTLVERIGYF 266

Human   269 SALILVEGMDIESLHKCALDDRRELHQFAQDGLICQDMDCLMLTFGDIPHHAPVLLAWALLRHTL 333
            |:|:|||||||:.||||||:||.|.|||.....:|::||.::|||||||||.||||||.||||||
Zfish   267 SSLMLVEGMDIDFLHKCALEDRTEQHQFYDQQDVCKEMDQMLLTFGDIPHHGPVLLAWVLLRHTL 331

Human   334 NPEETSSVVRKIGGTAIQLNVFQYLTRLLQSLASGGNDCTTSTACMCVYGLLSFVLTSLELHTLG 398
            .|||.|||:|::|.|.:||.||||||.:||:|.|.||:||.|||.||:|||||||:||.|..|||
Zfish   332 RPEEVSSVIRRLGNTTLQLGVFQYLTNMLQALGSAGNNCTVSTARMCIYGLLSFVITSFEEDTLG 396

Human   399 NQQDIIDTACEVLADPSLPELFWGTEPTSGLGIILDSVCGMFPHLLSPLLQLLRALVSGKSTAKK 463
            :||.:|:.|||||..|||.||||.::|..|||:||||..|:||:...||||||.||:|.||||||
Zfish   397 SQQHLINAACEVLGAPSLAELFWESKPNMGLGVILDSAVGVFPYKTGPLLQLLTALLSDKSTAKK 461

Human   464 VYSFLDKMSFYNELYKHKPHDVISHEDGTLWRRQTPKLLYPLG-GQTNLRIPQGTVGQV------ 521
            ||:||||||||.|.|||:|:||||.||||||||||.||||||| ||||||:|||..|||      
Zfish   462 VYTFLDKMSFYTEAYKHRPNDVISREDGTLWRRQTHKLLYPLGVGQTNLRMPQGCFGQVCEGKQL 526

Human   522 MLDDRAYLVRWEYSYSSWTLFTCEIEMLLHVVSTADVIQHCQRVKPIIDLVHKVISTDLSIADCL 586
            .:.::.:||||||||||||||||||||||||||||||:.||||||||:|||||:||||.:::|||
Zfish   527 SVGEQGFLVRWEYSYSSWTLFTCEIEMLLHVVSTADVLVHCQRVKPILDLVHKIISTDWTVSDCL 591

Human   587 LPITSRIYMLLQRLTTVISPPVDVIASCVNCLTVLAARNPAKVWTDLRHTGFLPFVAHPVSSLSQ 651
            ||:||||||||||||::|:||||||.||||||..||||.|||||:.|.|||||||.:.|:::::|
Zfish   592 LPLTSRIYMLLQRLTSIINPPVDVITSCVNCLIALAARQPAKVWSSLHHTGFLPFASTPLTNMTQ 656

Human   652 MISAEGMNAGGYGNLLMNSEQPQGEYGVTIAFLRLITTLVKGQLGSTQSQGLVPCVMFVLKEMLP 716
            .||||||.||.|||||:..|||:|||.||||||||:|||||||||||||:||:|||:.|||||||
Zfish   657 AISAEGMKAGNYGNLLVLIEQPRGEYSVTIAFLRLVTTLVKGQLGSTQSRGLIPCVLLVLKEMLP 721

Human   717 SYHKWRYNSHGVREQIGCLILELIHAILNLCHETDLHSSHTPSLQFLCICSLAYTEAGQTVINIM 781
            :|||||||::||||:||||||||:||||||..|.:...| .||||.|||.|||.|||||.|:|||
Zfish   722 TYHKWRYNTYGVRERIGCLILELVHAILNLNQECESEGS-APSLQSLCIYSLANTEAGQAVVNIM 785

Human   782 GIGVDTIDMVMAAQPRSDGAEGQGQGQLLIKTVKLAFSVTNNVIRLKPPSNVVSPLEQALSQHGA 846
            |:|||||:||:||||.|.|:|  |.||:||:|||||||||||||||||.|:..|||||||:|||.
Zfish   786 GVGVDTINMVLAAQPSSGGSE--GPGQVLIQTVKLAFSVTNNVIRLKPQSDTASPLEQALTQHGG 848

Human   847 HGNNLIAVLAKYIYHKHDPALPRLAIQLLKRLATVAPMSVYACLGNDAAAIRDAFLTRLQSKIED 911
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||:|||||||||||||||:.||
Zfish   849 HGNNLIAVLAKYIYHKHDPALPRLAIQLLKRLATVAPMSVYACLGSDAAAIRDAFLTRLQSRTED 913

Human   912 MRIKVMILEFLTVAVETQPGLIELFLNLEVKDGSDGSKEFSLGMWSCLHAVLELIDSQQQDRYWC 976
            |||||.|||||||||||||||||||||||.||.|||:||||||.||||..||||:||:||.:|||
Zfish   914 MRIKVTILEFLTVAVETQPGLIELFLNLETKDASDGAKEFSLGEWSCLSVVLELLDSKQQGKYWC 978

Human   977 PPLLHRAAIAFLHALWQDRRDSAMLVLRTKPKFWENLTSPLFGTLSPPSETSEPSILETCALIMK 1041
            ||||.|||:||||||||||||||:.|||||.|||||||:||||.|.|||||:||.:||:||.:||
Zfish   979 PPLLQRAALAFLHALWQDRRDSALSVLRTKEKFWENLTTPLFGNLPPPSETTEPCVLESCAFVMK 1043

Human  1042 IICLEIYYVVKGSLDQSLKDTLKKFSIEKRFAYWSGYVKSLAVHVAETEGSSCTSLLEYQMLVSA 1106
            ||.|||||||.|.|:.|||..|:.||.::|:.:||.||:.|.....:.|.....||.|.|||:||
Zfish  1044 IIALEIYYVVSGVLEPSLKAALESFSSKRRYEFWSDYVRELVCVACDGEEEGLRSLSESQMLISA 1108

Human  1107 WRMLLIIATTHADIMHLTDSVVRRQLFLDVLDGTKALLLVPASVNCLRLGSMKCTLLLILLRQWK 1171
            ||.|||::|:|:::|||.|..||::||:|||:||||.||:..||.|||||||..|||||||:|||
Zfish  1109 WRTLLILSTSHSEVMHLKDDTVRQKLFMDVLEGTKAALLMSQSVFCLRLGSMMVTLLLILLKQWK 1173

Human  1172 RELGSVDEILGPLTEILEGVLQADQQLMEKTKAKVFSAFITVLQMKEMKVSDIPQYSQLVLNVCE 1236
            ..|.|...:|.||:.:||.||.|:||||::||||:.|..|..||::.:...:|.|..||:|.|||
Zfish  1174 SVLVSAPALLPPLSLMLESVLHAEQQLMDRTKAKLLSGLILALQIQGLNGGEISQLPQLLLCVCE 1238

Human  1237 TLQEEVIALFDQTRHSLALGSATEDKDSMETDDCSRSRH--RDQRDGVCVLGLHLAKELCEVDED 1299
            .:|:|.:||.|.|||.:..|...|  ||||||    |.|  :||:|.||||.|||:||||..|||
Zfish  1239 MVQDEALALIDSTRHMIQRGDVQE--DSMETD----SPHVQKDQQDSVCVLALHLSKELCRADED 1297

Human  1300 GDSWLQVTRRLPILPTLLTTLEVSLRMKQNLHFTEATLHLLLTLARTQQGATAVAGAGITQSICL 1364
            |:.||||.|:||:||::|:.||:|||.||||:||||.||||||||||.|||.||||||:.|||||
Zfish  1298 GEQWLQVVRKLPVLPSVLSALELSLRSKQNLYFTEAALHLLLTLARTPQGAAAVAGAGVIQSICL 1362

Human  1365 PLLSVYQLSTNGTAQTPSASRKSLDAPSWPGVYRLSMSLMEQLLKTLRYNFLPEALDFVGVHQER 1429
            ||||||:...||..|  :..||..||||||||||||:||||.|||||||||:.||||||||||||
Zfish  1363 PLLSVYEGPANGANQ--AFVRKCQDAPSWPGVYRLSLSLMESLLKTLRYNFINEALDFVGVHQER 1425

Human  1430 TLQCLNAVRTVQSLACLEEADHTVGFILQLSNFMKEWHFHLPQLMRDIQVNLGYLCQACTSLLHS 1494
            .||||||||||||||||:||||||||:||||||.|||.||||||:||:||||.||||.||.||||
Zfish  1426 ILQCLNAVRTVQSLACLDEADHTVGFLLQLSNFCKEWQFHLPQLLRDVQVNLCYLCQTCTYLLHS 1490

Human  1495 RKMLQHYLQNKNGDGLPSAVAQRVQRPPSAASAAPSSSKQPAADTEASEQQALHTVQYGLLKILS 1559
            :|||.||||.|||:|||       |.|....:..|:|.:....:.|.:|.:||..||..||||||
Zfish  1491 KKMLHHYLQAKNGEGLP-------QGPHPQRALQPASKELLEGEREEAESKALQAVQCSLLKILS 1548

Human  1560 KTLAALRHFTPDVCQILLDQSLDLAEYNFLFALSFTTPTFDSEVAPSFGTLLATVNVALNMLGEL 1624
            ||||.|:|||||.|||||||::|||||..||.|||:||.|||:||||||||:||:||||:||||:
Zfish  1549 KTLATLQHFTPDCCQILLDQAMDLAEYRTLFVLSFSTPAFDSDVAPSFGTLMATINVALSMLGEI 1613

Human  1625 DKKKEPLTQAVGLSTQAEGTRTLKSLLMFTMENCFYLLISQAMRYLRDPAVHPRDKQRMKQELSS 1689
            :||||||       ..:|.|:.|||||||:||||||:|:|||:|.|:||||..|||||:||||||
Zfish  1614 EKKKEPL-------ISSEDTQALKSLLMFSMENCFYVLVSQAVRCLKDPAVSHRDKQRLKQELSS 1671

Human  1690 ELSTLLSSLSRYFRRGAPSSPATGVLPSPQGK-STSLSKASPESQEPLIQLVQAFVRHMQR 1749
            |||||||:|.|:||||:|||||:|:|||||.| .|..||.:||.|||.|||||||||.:||
Zfish  1672 ELSTLLSTLFRFFRRGSPSSPASGLLPSPQTKPPTPGSKVTPEGQEPFIQLVQAFVRQVQR 1732

Known Domains:


Indicated by green bases in alignment.

GeneSequenceDomainRegion External IDIdentity
NUP188NP_056169.1 Nup188 31..941 CDD:463110 692/916 (76%)
Disordered. /evidence=ECO:0000256|SAM:MobiDB-lite 1514..1542 5/27 (19%)
Disordered. /evidence=ECO:0000256|SAM:MobiDB-lite 1707..1733 17/26 (65%)
nup188XP_001923018.1 Nup188 29..942 CDD:463110 691/915 (76%)

Return to query results.
Submit another query.