DRSC/TRiP Functional Genomics Resources

powered by:
logo

back to: DIOPT - Ortholog Prediction Tool / DIOPT for Diseases and Traits


Protein Alignment NUP188 and nup188

DIOPT Version :10

Sequence 1:NP_056169.1 Gene:NUP188 / 23511 HGNCID:17859 Length:1749 Species:Homo sapiens
Sequence 2:NP_001107292.1 Gene:nup188 / 100135081 XenbaseID:XB-GENE-5933085 Length:1739 Species:Xenopus tropicalis


Alignment Length:1752 Identity:1251/1752 - (71%)
Similarity:1463/1752 - (83%) Gaps:19/1752 - (1%)


- Green bases have known domain annotations that are detailed below.


Human     3 AAAGGPCVRSSRELWTILLGRSALRELSQIEAELNKHWRRLLEGLSYYKPPSPSSAEKVKANKDV 67
            ||||....|:||||||||||||::::..||:|||:::..|||:||:||:|||.||..||||||::
 Frog     2 AAAGCLYRRTSRELWTILLGRSSMKDGHQIKAELDRYGDRLLQGLAYYRPPSTSSTGKVKANKNL 66

Human    68 ASPLKELGLRISKFLGLDEEQSVQLLQCYLQEDYRGTRDSVKTVLQDERQSQALILKIADYYYEE 132
            :..|:|||||:||||||||||||:|||.||..|||||::|||.|.|||||||||:||:.||||||
 Frog    67 SPALQELGLRLSKFLGLDEEQSVELLQTYLLYDYRGTQESVKGVPQDERQSQALMLKMVDYYYEE 131

Human   133 RTCILRCVLHLLTYFQDERHPYRVEYADCVDKLE-KELVSKYRQQFEELYKTEAPTWETHGNLMT 196
            |..:|||||::|.||||::|||..|::.||:.:| |||..||.:|||.|.:.||||||||||.||
 Frog   132 RISLLRCVLYILNYFQDDKHPYSAEFSKCVEMMEQKELFGKYLKQFESLCREEAPTWETHGNFMT 196

Human   197 ERQVSRWFVQCLREQSMLLEIIFLYYAYFEMAPSDLLVLTKMFKEQGFGSRQTNRHLVDETMDPF 261
            ||||||||||.||||:|||||||||:|.|..:|||||.|||:|||||||.|..|||||:.:|||.
 Frog   197 ERQVSRWFVQRLREQAMLLEIIFLYFACFAASPSDLLALTKLFKEQGFGCRLQNRHLVEPSMDPL 261

Human   262 VDRIGYFSALILVEGMDIESLHKCALDDRRELHQFAQDGLICQDMDCLMLTFGDIPHHAPVLLAW 326
            |:||||||.||.:|.:|||:|..|:|.|:.|.|.|:.:..:|::||.:::|.||.|||.||||||
 Frog   262 VERIGYFSVLIFLEALDIETLMTCSLSDKTEQHPFSSEEQVCKEMDSVLVTLGDAPHHGPVLLAW 326

Human   327 ALLRHTLNPEETSSVVRKIGGTAIQLNVFQYLTRLLQSLASGGNDCTTSTACMCVYGLLSFVLTS 391
            ||||..||.::.:..|||:|.|||||::||||||:||||.||.|:|||||||:|||..|:||||:
 Frog   327 ALLRFALNADKVTPTVRKMGSTAIQLHIFQYLTRMLQSLRSGENNCTTSTACLCVYTFLTFVLTN 391

Human   392 LELHTLGNQQDIIDTACEVLADPSLPELFWGTEPTSGLGIILDSVCGMFPHLLSPLLQLLRALVS 456
            ||...|.:|||::|||.:|.|.|:||:|||..|||:||||:||||.||||..|||||:|..||||
 Frog   392 LEEQVLQSQQDLVDTAFQVFAAPNLPDLFWNMEPTAGLGILLDSVVGMFPFHLSPLLKLFTALVS 456

Human   457 GKSTAKKVYSFLDKMSFYNELYKHKPHDVISHEDGTLWRRQTPKLLYPLG-GQTNLRIPQGTVGQ 520
             ||:|||||||||:||.|.|.|:|||||::||||.|||:|||||:||.|| |||||||||||:||
 Frog   457 -KSSAKKVYSFLDRMSSYTEHYRHKPHDILSHEDETLWKRQTPKVLYALGLGQTNLRIPQGTIGQ 520

Human   521 VMLDDRAYLVRWEYSYSSWTLFTCEIEMLLHVVSTADVIQHCQRVKPIIDLVHKVISTDLSIADC 585
            ||.|:..:|||||||||.|||||||||||||||||||||..||||||||||||||||||||||||
 Frog   521 VMADEHGFLVRWEYSYSCWTLFTCEIEMLLHVVSTADVIHQCQRVKPIIDLVHKVISTDLSIADC 585

Human   586 LLPITSRIYMLLQRLTTVISPPVDVIASCVNCLTVLAARNPAKVWTDLRHTGFLPFVAHPVSSLS 650
            ||||||||||||||||||::||:|.::|||:||..||.|.|||||.||||||||||.|:|||  .
 Frog   586 LLPITSRIYMLLQRLTTVMNPPMDFLSSCVDCLAALATRMPAKVWIDLRHTGFLPFAANPVS--G 648

Human   651 QMISAEGMNAGGYGNLLMNSEQPQGEYGVTIAFLRLITTLVKGQLGSTQSQGLVPCVMFVLKEML 715
            .:||.|||||||||: |...||.||||.:|::||||:|||||||||||||||||||::|||:|||
 Frog   649 HIISTEGMNAGGYGS-LFGIEQSQGEYSITLSFLRLVTTLVKGQLGSTQSQGLVPCILFVLREML 712

Human   716 PSYHKWRYNSHGVREQIGCLILELIHAILNLCHETDLHSSHTPSLQFLCICSLAYTEAGQTVINI 780
            |:||:|||||||||||:|..||.||||||||..|.: .|:.||:||.|||.||..|||||.||||
 Frog   713 PNYHRWRYNSHGVREQLGFQILSLIHAILNLSPEEE-ESTSTPNLQSLCIFSLTNTEAGQAVINI 776

Human   781 MGIGVDTIDMVMAAQPRSDGAEGQGQGQLLIKTVKLAFSVTNNVIRLKPPSNVVSPLEQALSQHG 845
            ||:||||::.||..|..|.|.|  ||||:|::|:|||||:|||||||||.|:.:||||.||:|||
 Frog   777 MGVGVDTLNAVMLTQAGSSGTE--GQGQMLMQTIKLAFSITNNVIRLKPLSSAISPLEHALTQHG 839

Human   846 AHGNNLIAVLAKYIYHKHDPALPRLAIQLLKRLATVAPMSVYACLGNDAAAIRDAFLTRLQSKIE 910
            |||||||||||||||||:||:|||||||||||||.|||||||||||:||||||||||:||:..||
 Frog   840 AHGNNLIAVLAKYIYHKYDPSLPRLAIQLLKRLAMVAPMSVYACLGSDAAAIRDAFLSRLRDNIE 904

Human   911 DMRIKVMILEFLTVAVETQPGLIELFLNLEVKDGSDGSKEFSLGMWSCLHAVLELIDSQQQDRYW 975
            ||:||:|||||||||||||||||||||||||||.::||||:|||.||||..||:|||||..:..|
 Frog   905 DMQIKIMILEFLTVAVETQPGLIELFLNLEVKDTNEGSKEYSLGEWSCLQVVLKLIDSQDPESSW 969

Human   976 CPPLLHRAAIAFLHALWQDRRDSAMLVLRTKPKFWENLTSPLFGTLSPPSETSEPSILETCALIM 1040
            ..|||||:|||||||||||||||||.||||||.|||||||||||||:.|||:||.|||||||.||
 Frog   970 GAPLLHRSAIAFLHALWQDRRDSAMTVLRTKPNFWENLTSPLFGTLAFPSESSELSILETCAFIM 1034

Human  1041 KIICLEIYYVVKGSLDQSLKDTLKKFSIEKRFAYWSGYVKSLAVHVAETEGSSCTSLLEYQMLVS 1105
            |||||||||.|:|||..|||..|||||.|:||.|||.||.||...|||:|| :|.||.|||.|:|
 Frog  1035 KIICLEIYYAVRGSLGDSLKKILKKFSEEERFTYWSNYVHSLVCQVAESEG-ACNSLTEYQQLLS 1098

Human  1106 AWRMLLIIATTHADIMHLTDSVVRRQLFLDVLDGTKALLLVPASVNCLRLGSMKCTLLLILLRQW 1170
            ||||.|::||.:||:||||:..||::||.|||.||:||||||.|:.||.||||.||:::||||:|
 Frog  1099 AWRMFLMVATHNADVMHLTNPEVRQKLFKDVLGGTQALLLVPRSMTCLHLGSMLCTVMIILLRRW 1163

Human  1171 KRELGSVDEILGPLTEILEGVLQADQQLMEKTKAKVFSAFITVLQMKEMKVSDIPQYSQLVLNVC 1235
            |.:|.:.::||..||:|||||||.||||:|||||:||:|.|:.|::|.||.|:||||.|||||||
 Frog  1164 KSDLAAPEDILSSLTQILEGVLQKDQQLVEKTKARVFAALISALEIKPMKASEIPQYPQLVLNVC 1228

Human  1236 ETLQEEVIALFDQTRHSLALGSATEDKDSMETDDCSRSRHRDQRDGVCVLGLHLAKELCEVDEDG 1300
            |||||||:.|.|.||..:....|:||||||||:|..|.|.:|||||||||||||||.|||.||:|
 Frog  1229 ETLQEEVVFLVDHTRQEVPANDASEDKDSMETEDTGRIRQKDQRDGVCVLGLHLAKGLCEADEEG 1293

Human  1301 DSWLQVTRRLPILPTLLTTLEVSLRMKQNLHFTEATLHLLLTLARTQQGATAVAGAGITQSICLP 1365
            |.|.||.|:||:||.|.:.||||||:||||||.||.||.|.|||:|.|||.|:||||:||::|||
 Frog  1294 DQWQQVLRKLPVLPMLFSALEVSLRIKQNLHFCEAILHFLFTLAKTHQGAAAMAGAGVTQTVCLP 1358

Human  1366 LLSVYQLSTNG--TAQTPSASRKSLDAPSWPGVYRLSMSLMEQLLKTLRYNFLPEALDFVGVHQE 1428
            ||||||||:||  |||...:.|||||||||||||||::||||:||||||||||.|||||||||||
 Frog  1359 LLSVYQLSSNGASTAQPALSLRKSLDAPSWPGVYRLTVSLMERLLKTLRYNFLTEALDFVGVHQE 1423

Human  1429 RTLQCLNAVRTVQSLACLEEADHTVGFILQLSNFMKEWHFHLPQLMRDIQVNLGYLCQACTSLLH 1493
            |.||||.|||||.||||||||||||||:||||||.||||||||||::|:||||.|||||||||||
 Frog  1424 RILQCLGAVRTVPSLACLEEADHTVGFLLQLSNFTKEWHFHLPQLIKDVQVNLCYLCQACTSLLH 1488

Human  1494 SRKMLQHYLQNKNGDGLPSAVAQRVQRPPSAASAAPSSSKQPAADTEASEQQALHTVQYGLLKIL 1558
            ||||||||||.|||:.:.|....|.||.|.      :.||||.|::||.|.:.|.:||:.|||||
 Frog  1489 SRKMLQHYLQIKNGETMSSTATPRGQRTPQ------TPSKQPTAESEALELRQLRSVQHSLLKIL 1547

Human  1559 SKTLAALRHFTPDVCQILLDQSLDLAEYNFLFALSFTTPTFDSEVAPSFGTLLATVNVALNMLGE 1623
            .||||.||.||||:||||..|.||||:||.|||||||||.||::|.||||||||||||.|:||||
 Frog  1548 GKTLATLRAFTPDLCQILQVQPLDLAQYNLLFALSFTTPAFDADVTPSFGTLLATVNVTLSMLGE 1612

Human  1624 LDKKKE-PLTQAVGLSTQAEGTRTLKSLLMFTMENCFYLLISQAMRYLRDPAVHPRDKQRMKQEL 1687
            :||||: ||.|.:|.:......:.:||||:|.||||||||||||:||||||:|||||||||||||
 Frog  1613 MDKKKDHPLGQVLGETNSTVDNKNIKSLLLFIMENCFYLLISQAVRYLRDPSVHPRDKQRMKQEL 1677

Human  1688 SSELSTLLSSLSRYFRRGAPSSPATGVLPSPQGKSTSLSKASPESQEPLIQLVQAFVRHMQR 1749
            ||||||||||||||||||.|||||.|::||||.|..|.:|..||:||||||||||||||:||
 Frog  1678 SSELSTLLSSLSRYFRRGGPSSPAGGLMPSPQPKGASAAKVVPEAQEPLIQLVQAFVRHVQR 1739

Known Domains:


Indicated by green bases in alignment.

GeneSequenceDomainRegion External IDIdentity
NUP188NP_056169.1 Nup188 31..941 CDD:463110 654/911 (72%)
Disordered. /evidence=ECO:0000256|SAM:MobiDB-lite 1514..1542 10/27 (37%)
Disordered. /evidence=ECO:0000256|SAM:MobiDB-lite 1707..1733 15/25 (60%)
nup188NP_001107292.1 Nup188 30..935 CDD:463110 654/911 (72%)
Disordered. /evidence=ECO:0000256|SAM:MobiDB-lite 1247..1267 11/19 (58%)
Disordered. /evidence=ECO:0000256|SAM:MobiDB-lite 1504..1528 10/29 (34%)
Disordered. /evidence=ECO:0000256|SAM:MobiDB-lite 1696..1717 12/20 (60%)

Return to query results.
Submit another query.