DRSC/TRiP Functional Genomics Resources

powered by:
logo

back to: DIOPT - Ortholog Prediction Tool / DIOPT for Diseases and Traits


Protein Alignment VPS13A and vps13a

DIOPT Version :10

Sequence 1:NP_150648.2 Gene:VPS13A / 23230 HGNCID:1908 Length:3174 Species:Homo sapiens
Sequence 2:NP_001429275.1 Gene:vps13a / 378837 ZFINID:ZDB-GENE-030926-1 Length:3236 Species:Danio rerio


Alignment Length:3269 Identity:1849/3269 - (56%)
Similarity:2349/3269 - (71%) Gaps:131/3269 - (4%)


- Green bases have known domain annotations that are detailed below.


Human     1 MVFESVVVDVLNRFLGDYVVDLDTSQLSLGIWKGAVALKNLQIKENALSQLDVPFKVKVGHIGNL 65
            |||||||||||||||||||.:||:||||||||.|...|:||:||||||||||:||||:.||||.|
Zfish     1 MVFESVVVDVLNRFLGDYVGNLDSSQLSLGIWGGDAILRNLEIKENALSQLDIPFKVRAGHIGRL 65

Human    66 KLIIPWKNLYTQPVEAVLEEIYLLIVPSSRIKYDPLKEEKQLMEAKQQELKRIEEAKQKVVDQEQ 130
            :|.|||||||||.|||.|:|:||||||::.||||..|||:||.|::|:||:||||.|||..::|.
Zfish    66 ELKIPWKNLYTQSVEATLDEVYLLIVPTASIKYDAEKEERQLQESRQRELQRIEETKQKAAEKEN 130

Human   131 HLPEKQDTFAEKLVTQIIKNLQVKISSIHIRYEDDITNRDKPLSFGISLQNLSMQTTDQYWVPCL 195
            ...||||||.||||||:|||||||||:||:|||||:||...||||||||||||:||.||.|.|||
Zfish   131 PKGEKQDTFVEKLVTQVIKNLQVKISNIHVRYEDDVTNPSVPLSFGISLQNLSLQTADQNWNPCL 195

Human   196 HDETEKLVRKLIRLDNLFAYWNVKSQMFYLSDYDNSLDDLKNGIVNENIVPEGYDFVFRPISANA 260
            .||..||..||:|||||||||||.|:::...:.:.:|..||:.:..:..:|:.|.|:||||||||
Zfish   196 LDEKAKLFFKLVRLDNLFAYWNVSSELYSNHNPEEALRYLKHSVAIQTAIPQDYHFIFRPISANA 260

Human   261 KLVMNRRSDFDFSAPKINLEIELHNIAIEFNKPQYFSIMELLESVDMMAQNLPYRKFKPDVPLHH 325
            ||.||.|||.|||:||::|.:.|..:|:|.::|||.||:|||.|||||.:||||||::|.|.:|.
Zfish   261 KLRMNPRSDVDFSSPKMDLVVNLPEVAVELSRPQYVSILELLGSVDMMTRNLPYRKYRPYVVVHT 325

Human   326 HAREWWAYAIHGVLEVNVCPRLWMWSWKHIRKHRQKVKQYKELYKKKLTSKKPPGELLVSLEELE 390
            :||:||.|.|.|||||||.|||.||||.|||:|||.||:|:||||.|:.||||...||..|||.|
Zfish   326 NARQWWRYVITGVLEVNVKPRLHMWSWLHIRRHRQHVKKYRELYKNKIISKKPAESLLKELEETE 390

Human   391 KTLDVFNITIARQTAEVEVKKAGYKIYKEGVK-DPEDNKGWFSWLWSWSEQNTNEQQPDVQPETL 454
            :|||:||||:|||.||:|..|||.:||:.||| :.|.::|||.|:|:||.:.:..|..||:....
Zfish   391 RTLDIFNITMARQQAEMEASKAGLRIYRPGVKVEEEQSQGWFGWMWNWSGEASATQTKDVKTGGF 455

Human   455 EEMLTPEEKALLYEAIGYSETAVDPTLLKTFEALKFFVHLKSMSIVLRENHQKPELVDIVIEEFS 519
            :.::||.|||.||.|||||||||:|.|.|.||.:|...||..:|:.::|:.:|.|::.:.:.:..
Zfish   456 DGLMTPAEKAKLYAAIGYSETAVNPNLPKNFENMKMNFHLLRLSLSIKESREKAEIIKLSVIDLK 520

Human   520 TLIVQRPGAQAIKFETKIDSFHITGLPDNSEKPRLLSSLD-DAM---SLFQITFEINPLDETVSQ 580
            .::.|||.|||||...::.||.::|||.....|.|||... |.|   ||..:.||.||||....|
Zfish   521 AMLTQRPAAQAIKISAQLSSFEVSGLPREKSAPILLSPRHVDGMKDKSLLNLMFETNPLDARADQ 585

Human   581 RCIIEAEPLEIIYDARTVNSIVEFFRPPKEVHLAQLTAATLTKLEEFRSKTATGLLYIIETQKVL 645
            |..||::||||||||.||||:..||.|||::.|.:||.|||.|||:||.||:|||:|||||||||
Zfish   586 RLRIESQPLEIIYDAMTVNSMSAFFMPPKDLQLDELTNATLMKLEQFRDKTSTGLMYIIETQKVL 650

Human   646 DLKINLKASYIIVPQDGIFSPTSNLLLLDLGHLKVTSKSRSELPDVKQGEANLKEIMDRAYDSFD 710
            ||||||.|||:|||::|.:.|..||.:|||||.:::|:||::||.:..|.:.|::||.|||||||
Zfish   651 DLKINLMASYVIVPENGFYDPKHNLAILDLGHFQMSSQSRADLPQLSAGSSTLEDIMSRAYDSFD 715

Human   711 IQLTSVQLLYSRVGDNWREARKLSVSTQHILVPMHFNLELSKAMVFMDVRMPKFKIYGKLPLISL 775
            :||:|:|.|||:.|.:|:.||.|..|..|||.|:...:..|:|||..|.||||||::|:|||:||
Zfish   716 VQLSSLQFLYSKAGGDWKRARPLRQSAFHILEPVDLKVVFSRAMVVTDSRMPKFKMHGELPLLSL 780

Human   776 RISDKKLQGIMELIESIPKPEPVTEVSAPVKSFQIQTSTSLGTSQISQK-IIPLLELPSVSEDD- 838
            ||||.|::|::.|:.|||.||     |.|..    |:..:..|.:.|:: ..|.|.....:.|| 
Zfish   781 RISDDKVRGVLALLSSIPLPE-----SRPTP----QSRNTQATPKASKRGNTPQLTPRRPAIDDL 836

Human   839 -------SEEE-FFDAPCSPLEEPLQFPTGVKSIRTRKLQK------QDCSVNMTTFKIRFEVPK 889
                   |||| |||||.||:|:...|.....|.......|      :|...|||.|.:.||:.|
Zfish   837 RASIIYGSEEELFFDAPSSPIEDLPFFEASSDSRHASAADKRLSMVLKDPKKNMTEFLLSFEINK 901

Human   890 VLIEFYHLVGDCELSVVEILVLGLGAEIEIRTYDLKANAFLKEFCLKCPEYLDENKKPVYLVTTL 954
            :.::...:....|:||:.:.:.|||.|:::||:|:.:..||:|.||:|.||||...|.|:|:|||
Zfish   902 LSVQLCRVSNRQEVSVLHLFIDGLGTELKLRTFDMSSYTFLREICLECSEYLDSEDKKVHLITTL 966

Human   955 DNTMEDLLTLEYVKAEKNVPDLKSTYNNVLQLIKVNFSSLDIHLHTEALLNTINYLHNILP---- 1015
            |||.|||||||||||:||.||.|:.|.|..|||||||||||||||||||||::|:|:|:||    
Zfish   967 DNTEEDLLTLEYVKADKNAPDFKAMYKNTEQLIKVNFSSLDIHLHTEALLNSMNFLNNLLPPMKK 1031

Human  1016 --QSEEKSAPVSTTETEDKGD-----------VIKKLALKLSTNEDIITLQILAELSCLQIFIQD 1067
              |.|:...|....|.|::.:           |.||.:.|.|..||::.|.|.|:|:||::||:.
Zfish  1032 ETQEEQPIIPKEEEEEEEEEEEEEEAKVENSAVAKKSSYKKSKFEDVVNLHIRADLNCLKVFIRG 1096

Human  1068 QKCNISEIKIEGLDSEMIMRPSETEINAKLRNIIVLDSDITAIYKKAVYITGKEVFSFKMVSYMD 1132
            :|..||||.||||.||:.|:....||.|.|:|||:||.|..|:|||||.|..||||.|:||:::|
Zfish  1097 EKARISEISIEGLVSEVQMKKKSVEILANLKNIIILDCDKEALYKKAVSIADKEVFDFRMVNHVD 1161

Human  1133 ATAGSAYTDMNVVDIQVNLIVGCIEVVFVTKFLYSILAFIDNFQAAKQALAEATVQAAGMAATGV 1197
            ||.|.|||||::||..|.|.||||:|:|:.||:.||||||:|||.||.||||.|.|||..|||||
Zfish  1162 ATEGDAYTDMHIVDTSVTLTVGCIQVIFLNKFMSSILAFINNFQEAKNALAEVTAQAAEKAATGV 1226

Human  1198 KELAQRSSRMALDINIKAPVVVIPQSPVSENVFVADFGLITMTNTFHMITESQSSP-----PPVI 1257
            .|||:||:|::||::||||||.:|||.||.||.|||.||:|:.|.|.::    |||     |||:
Zfish  1227 LELAERSTRISLDVDIKAPVVFLPQSSVSHNVIVADLGLVTVKNRFEIV----SSPTHTKIPPVM 1287

Human  1258 DLITIKLSEMRLYRSRFINDAYQEVLDLLLPLNLEVVVERNLCWEWYQEVPCFNVNAQLKPMEFI 1322
            |::.:.||::::||:.|.:|.:...:.||.|:|:::.::|||...||..:|...:||.||||..|
Zfish  1288 DIMAVGLSDLKMYRTTFTDDKFNSEIQLLKPVNMDLSIKRNLSASWYHSIPDIQINAHLKPMSLI 1352

Human  1323 LSQEDITTIFKTLHGNIWYEKDGSASPAVTKDQYSATSG--VTTNASHHSGGATVVTAAVVEVHS 1385
            |||||:|.:.|||..|:....|...:|:      |:..|  |:...|..|||.|||||||||...
Zfish  1353 LSQEDLTVVLKTLSENLSETSDAPPAPS------SSDKGDTVSNKGSQGSGGNTVVTAAVVEGQK 1411

Human  1386 RALLVKTTLNISFKTDDLTMVLYSPGPKQASFTDVRDPSLKLAEFKLENIISTLKMYTDGSTFSS 1450
            ...| |.||.::||.|.:|:|||||. .:...:|.||.|||||||.|..|.:::.|::|.|..:|
Zfish  1412 SGKL-KNTLKLNFKFDSMTLVLYSPN-SEIQLSDSRDESLKLAEFTLGTISTSVHMFSDSSMKAS 1474

Human  1451 FSLKNCILDDKRPHVKKATPRMIGLTVGFDKKDMMDIKYRKVRDGCVTDAVFQEMYICASVEFLQ 1515
            ..|.||:|||||..||..|.||:.:....:...|:|:.||:.|||...|.:.|::|:|||:|||.
Zfish  1475 LKLTNCLLDDKRQGVKMITSRMMAMRQDREDSVMVDVSYRQSRDGTRLDTLVQDLYLCASMEFLL 1539

Human  1516 TVANVFLEAYT---TGTAVETSVQTWTAKEEVPTQESV--KWEINVIIKNPEIVFVADMTKNDAP 1575
            |||:|||:|.:   :|..........|:|:.......|  |.|:||::||||||||||:|:.:||
Zfish  1540 TVADVFLKALSDGFSGPPKSNKQPASTSKDPAAPAPPVVAKTEMNVVVKNPEIVFVADLTRAEAP 1604

Human  1576 ALVITTQCEICYKGNLENSTMTAAIKDLQVRACPFLPVKRKGKITTVLQPCDLFYQTTQKGTDPQ 1640
            |||:|||||:..|.......|||||.||::.|||||..||:..:|||||||::|:|:.|..|:||
Zfish  1605 ALVMTTQCELVMKSEPSGQCMTAAISDLKIVACPFLREKRENNVTTVLQPCEVFFQSRQSNTEPQ 1669

Human  1641 VIDMSVKSLTLKVSPVIINTMITITSALYTTKETIPEETASSTAH-LWEKKDTKTLKMWFLEESN 1704
            .|::|:.:|||||||:||||:|||.:||....|| |:|..|.... |||::..:.||:|||||..
Zfish  1670 CIELSISALTLKVSPIIINTVITIQTALSPAAET-PQELESPIPQDLWERRSLRDLKLWFLEEEG 1733

Human  1705 ETEKIAPTTELVPKGEMIKMNIDSIFIVLEAGIGHRTVPMLLAKSRFSGEGKNWSSLINLHCQLE 1769
            | |.....|.|:|:||.:||:|.||.:.||||:|||||||||||:.|.|:.|:||:||||||.|.
Zfish  1734 E-EVSTSVTRLIPQGESLKMSIASICLTLEAGVGHRTVPMLLAKASFQGDVKDWSTLINLHCHLS 1797

Human  1770 LEVHYYNEMFGVWEPLLEPLEIDQTEDFRPWNLGIKMKKKAKMAIVESDPEEENYKVPEYKTVIS 1834
            :||:|||||.|:||||||||:.:..:.||||.|.:|||||..::...||  |.:..||:||||||
Zfish  1798 MEVNYYNEMMGLWEPLLEPLDDEDKDGFRPWTLALKMKKKPVVSSGVSD--EVDGAVPDYKTVIS 1860

Human  1835 FHSKDQLNITLSKCGLVMLNNLVKAFTEAATGSSADFVKDLAPFMILNSLGLTISVSPSDSFSVL 1899
            |.||||||:|||||||.||:||..||.|||..::..|..|..||::.|.|||.:||..|:.|.  
Zfish  1861 FTSKDQLNVTLSKCGLHMLSNLGTAFAEAAKQTAECFQTDQTPFVVKNRLGLAVSVLHSEVFR-- 1923

Human  1900 NIPMAKS-----YVLKNGESLSMDYIRT-KDNDHFNAMTSLSSKLFFILLTPVNHSTADKIPLTK 1958
              |:.|.     ..|.:||||::||..| :.:|.|:||||||:| .:|..|||.|:||..|||.|
Zfish  1924 --PIGKESKDRVVELPDGESLNLDYTLTAESSDQFSAMTSLSAK-NYIQPTPVGHTTASVIPLIK 1985

Human  1959 VGRRLYTVRHRESGVERSIVCQIDTVEGSKKVTIRSPVQIRNHFSVPLSVYEGDTLLGTASPENE 2023
            .||.:|:|.|.||.|.|..||||.||||||.|.||||.||.||||||..||||...||.:.|..|
Zfish  1986 TGRGMYSVMHNESRVTRFFVCQIYTVEGSKYVKIRSPFQIINHFSVPFRVYEGSVFLGESLPTEE 2050

Human  2024 FNIPLGSYRSFIFLKP---EDENYQMCEGIDFEEIIKNDGALLKKKCRSKNPSKESFLINIVPEK 2085
            |.:||||||:.:.|:|   ..|.|:..|...:.|:::..|..|:|.|..:..|.:...:|:||..
Zfish  2051 FCVPLGSYRAELSLQPVPDGGEEYEHSESFTYTEVVQKPGKCLEKNCHLRGDSAQILKVNMVPLA 2115

Human  2086 DNLTSLSVYSEDGWDLPYIMHLWPPILLRNLLPYKIAYYIEGIENS-VFTLSEGHSAQICTAQLG 2149
            |.:||.|  ||:.:|.|.::||||.:||||||||.|.:.::||.:| ..:|.||||:||.||.:.
Zfish  2116 DTVTSHS--SEEEFDKPIVLHLWPTVLLRNLLPYPITFKLKGIGDSPSVSLKEGHSSQIHTAIMD 2178

Human  2150 KARLHLKLLDYLNHDWKSEYHIKPNQQDISFVSFTCVTEMEKT----DLDIAVHMTYNTGQTVVA 2210
            .:.|.|:||.||..||:|:|.:...|.:|||:.|..:...|:|    :||||:|:....||.|:|
Zfish  2179 FSVLDLRLLGYLQQDWESQYSLSSEQDEISFIKFRSLAREEETESRPELDIAMHVKKEEGQVVLA 2243

Human  2211 FHSPYWMVNKTGRMLQYKADGIHRKHPPNYKKPVLFSFQPNHFFNNNKVQLMVTDSELSNQFSID 2275
            .||||||||||.|:||||||.||||||.:|..|:||||:|.:|..|||::||:::||||:.||||
Zfish  2244 VHSPYWMVNKTSRLLQYKADDIHRKHPKDYDMPLLFSFKPRNFLQNNKIRLMISESELSDDFSID 2308

Human  2276 TVGSHGAVKCKGLKMDYQVGVTIDLSSFNITRIVTFTPFYMIKNKSKYHISVAEEGNDKWLSLDL 2340
            ||||:|.|||||.:.||.|||.||.|||::||:|||.||||:.|::|:.|.|.|||.:.|.....
Zfish  2309 TVGSYGDVKCKGRQKDYLVGVKIDASSFSLTRLVTFLPFYMLVNRTKHVIRVCEEGQENWTEARP 2373

Human  2341 EQ-CIPFWPEYASSKLLIQVERSEDPPKRIYFNKQENCILLRLDNELGGIIAEVNLAEHSTVITF 2404
            .| .:|||||..|.||.::||.|:..|:...|::.|||:||.||..|||||.:|||.|||.||.|
Zfish  2374 GQAAVPFWPERDSKKLRVKVEGSQSSPRAFDFHQPENCLLLHLDKSLGGIIVDVNLTEHSAVILF 2438

Human  2405 LDYHDGAATFLLINHTKNELVQYNQS---------------------------SLSEIEDSLPPG 2442
            .|||||||.||||||||:|.:||:||                           |.:|| |.|.||
Zfish  2439 SDYHDGAAPFLLINHTKDETLQYHQSNSKRKPSTWFQDEILDLSMRDETDSLCSQAEI-DELSPG 2502

Human  2443 KAVFYTWADPVGSRRLKWRCRKSHGEVTQKDDMMMPIDLGEKTIYLVSFFEGLQRIILFTEDPRV 2507
            :||:||||:|.|||.|.|:..|..||:..::|.::.:| .|..::||||:|||||:.|||.:.|:
Zfish  2503 QAVYYTWAEPTGSRILSWKLGKYKGELKSEEDQLLDVD-KEGKLFLVSFYEGLQRVALFTSEQRI 2566

Human  2508 FKVTYESEKAELAEQEIAVALQDVGISLVNNYTKQEVAYIGITSSDVVWETKPKKKARWKPMSVK 2572
            ||...:|||.|||:|||::.||::|||||||.:.||||:||||||||||||||||::|||.:|||
Zfish  2567 FKKICDSEKIELAQQEISILLQNMGISLVNNNSSQEVAFIGITSSDVVWETKPKKRSRWKVLSVK 2631

Human  2573 HTEKLEREFKEYTESSPSEDKVIQLDTNVPVRLTPTGHNMKILQPHVIALRRNYLPALKVEYNTS 2637
            ....||:.:::|.|:.|.:..:|.||.:..|.....|.:|:|:||:...||||:||||||||:.|
Zfish  2632 EAAVLEQHYRDYMENGPVDSTIIDLDNDYQVLFAANGVDMRIMQPYDAPLRRNFLPALKVEYSVS 2696

Human  2638 AHQSSFRIQIYRIQIQNQIHGAVFPFVFYPVKPPKSVTMDSAPKPFTDVSIVMRSAGHSQISRIK 2702
            |.|.::|:||.|||||||:.||:|||||||:||||||:|||.|||..||||:.|:||||.|.|||
Zfish  2697 ARQKTYRVQINRIQIQNQLQGAIFPFVFYPIKPPKSVSMDSEPKPLADVSIITRAAGHSDILRIK 2761

Human  2703 YFKVLIQEMDLRLDLGFIYALTDLMT---EAEVTENTEVELFHKDIEAFKEEYKTASLVDQSQVS 2764
            ||.||||||||||||||:||:.:|.|   .:.||...|||||.||||..|.|....|..|.|.:|
Zfish  2762 YFMVLIQEMDLRLDLGFLYAILELFTAEHTSAVTSEQEVELFDKDIEYLKTELNHVSATDTSPIS 2826

Human  2765 LYEYFHISPIKLHLSVSLSSGREEAKDSKQNGGLIPVHSLNLLLKSIGATLTDVQDVVFKLAFFE 2829
            |||||||||||||||:|||||.|::...::...||||.||:||||||||||||.|||:|||.|||
Zfish  2827 LYEYFHISPIKLHLSLSLSSGGEDSNKQERETELIPVQSLHLLLKSIGATLTDAQDVLFKLGFFE 2891

Human  2830 LNYQFHTTSDLQSEVIRHYSKQAIKQMYVLILGLDVLGNPFGLIREFSEGVEAFFYEPYQGAIQG 2894
            |.|||.||..||.||:||||||||||||||:||||||||||||||..||||||||||||||||||
Zfish  2892 LRYQFRTTQQLQWEVVRHYSKQAIKQMYVLVLGLDVLGNPFGLIRGLSEGVEAFFYEPYQGAIQG 2956

Human  2895 PEEFVEGMALGLKALVGGAVGGLAGAASKITGAMAKGVAAMTMDEDYQQKRREAMNKQPAGFREG 2959
            ||||:||||||:||||||||||||||||:||||||||||||||||:|||||||||||||:|.|||
Zfish  2957 PEEFMEGMALGVKALVGGAVGGLAGAASRITGAMAKGVAAMTMDEEYQQKRREAMNKQPSGLREG 3021

Human  2960 ITRGGKGLVSGFVSGITGIVTKPIKGAQKGGAAGFFKGVGKGLVGAVARPTGGIIDMASSTFQGI 3024
            :||||||||||||||||||||||||||||.||||||||:|||||||:.|||||||||||||||||
Zfish  3022 LTRGGKGLVSGFVSGITGIVTKPIKGAQKEGAAGFFKGMGKGLVGALTRPTGGIIDMASSTFQGI 3086

Human  3025 KRATETS-EVESLRPPRFFNEDGVIRPYRLRDGTGNQMLQVMENGRFAKYKYFTHVMINKTDMLM 3088
            |||.|.| :|||||||||.:|||||||||.|:|.|:||||.:||||||||:||.|..:|::|.||
Zfish  3087 KRAAELSQDVESLRPPRFIHEDGVIRPYREREGLGSQMLQSIENGRFAKYRYFAHAKVNESDFLM 3151

Human  3089 ITRRGVLFVTKGTFGQLTCEWQYSFDEFTKEPFIVHGRRLRIEAKERVKSVFHAREFGKIINFKT 3153
            ||:||:.||||||||||||||||.||||||.|.||.||||||||||||||||||:||||||||||
Zfish  3152 ITKRGIFFVTKGTFGQLTCEWQYLFDEFTKAPMIVEGRRLRIEAKERVKSVFHAKEFGKIINFKT 3216

Human  3154 PEDARWILTKLQEAREPSP 3172
            ||.|:|:|.||::|||..|
Zfish  3217 PELAKWVLAKLEDARENLP 3235

Known Domains:


Indicated by green bases in alignment.

GeneSequenceDomainRegion External IDIdentity
VPS13ANP_150648.2 MRS6 4..>2104 CDD:227376 1129/2159 (52%)
TPR 1 212..245 11/32 (34%)
TPR 2 373..406 20/32 (63%)
TPR 3 537..575 17/41 (41%)
FFAT. /evidence=ECO:0000269|PubMed:30741634 842..848 5/6 (83%)
TPR 4 1256..1289 10/32 (31%)
TPR 5 1291..1320 11/28 (39%)
TPR 6 2009..2041 16/34 (47%)
SHR-BD 2209..>2356 CDD:461974 90/147 (61%)
TPR 7 2568..2601 11/32 (34%)
MRS6 <2598..3098 CDD:227376 376/503 (75%)
TPR 8 2717..2751 19/36 (53%)
Required for mitochondrial localization. /evidence=ECO:0000269|PubMed:30093493, ECO:0000269|PubMed:30741634 2751..3174 341/423 (81%)
VPS13_C 2766..2943 CDD:465310 146/176 (83%)
Required for lipid droplet localization. /evidence=ECO:0000269|PubMed:30093493 2953..3027 66/73 (90%)
vps13aNP_001429275.1 None

Return to query results.
Submit another query.