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Protein Alignment LRRK2 and lrrk2

DIOPT Version :10

Sequence 1:NP_940980.4 Gene:LRRK2 / 120892 HGNCID:18618 Length:2527 Species:Homo sapiens
Sequence 2:XP_068073486.1 Gene:lrrk2 / 559366 ZFINID:ZDB-GENE-071218-6 Length:2672 Species:Danio rerio


Alignment Length:2581 Identity:1220/2581 - (47%)
Similarity:1709/2581 - (66%) Gaps:149/2581 - (5%)


- Green bases have known domain annotations that are detailed below.


Human    10 EEDEETLKKLIVRLNNVQEGKQIETLVQILEDLLVFTYSERASKLFQGKNIHVPLLIVLDSYMRV 74
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Zfish    29 EELSIRLKKLLVRL-NLQDGKQLGTMVQIIEDLLFLSHTEHCVELFADQNVHVPVLLKCSESASI 92

Human    75 ASVQQ------------VGWSLLCKLIEVCPGTMQSLMGPQDVGNDWEVLGVHQLILKML-TVHN 126
             .|||            |||||||:|:|:||.|:.:|..|.    |:|.:..|:.|||:| ..||
Zfish    93 -KVQQPPAPRSMLNAVDVGWSLLCRLMEICPNTLDNLARPV----DYEFIDAHKQILKVLHEYHN 152

Human   127 ASVNLSVIGLKTLDLLLTSGKITLLILDEES-DIFMLIFDAMHSFPANDEVQKLGCKALHVLFER 190
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Zfish   153 KDAKMMMVALRALALMLKSGEIKMQVLDEEEWDVFYSILEAMKSFSDREEVQLQGCTALQPLLQT 217

Human   191 VSEEQLTEFVENKDYMILLSALTNFKDEEEIVLHVLHCLHSLAIPCNNVEVLMSGNVRCYNIVVE 255
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Zfish   218 VSEYHLAEFIEKKDHEVVLNALGCFMDSENVVLEALKVLIPLADPASNVETLMSKTVKCHSLTCR 282

Human   256 AMKAFPMSERIQEVSCCLLHRLTLGNFFNILVLNEVHEFVVKAVQQYPENAALQISALSCLALLT 320
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Zfish   283 AMNTWLDSEAIQEAGCCLLWKFTSKGYYDMLVLNGVHKVAVKACVSYPDNATLQTAALSCLSALA 347

Human   321 ETIFLNQDLEEKNENQENDDEGE----------EDKLFWLEACYKALTWHRKNKHVQEAACWALN 375
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Zfish   348 ECIVQNGGLDEE-WNEEDEEEQKVLVKKEAAQAEEMLIWREACYTAFERHAEDVKVQEAACWALN 411

Human   376 NLLMYQNSLHEKIGDEDGHFPAHREVMLSMLMHSSSKEVFQASANALSTLLEQNVNFRKILLSKG 440
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Zfish   412 SLLLHCNTSNNV--ELEGRPPLHTLIMAAMLLHSSSVKVFQAASSTLRTLIQRHCRIRSPLLSNG 474

Human   441 IHLNVLELMQKHIHSPEVAESGCKMLNHLFEGSNTSLDIMAAVVPKILTVMKRHETSLPVQLEAL 505
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Zfish   475 IHFNIVELMRKHPNSSAVCESACKLIHTLFQGARASLDDGFLILSQILIALKTHNFLPEVQLEGL 539

Human   506 RAILHFIVP---------GMPEESREDTEFHHKLNMVKKQCFKNDIHKLVLAALNRFIGNPGIQK 561
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Zfish   540 RASLVLLNPDRSLREHGVSVADPDMVDV----SLQVLKNQCVLEGAHTVYLQALNRFISSESIQE 600

Human   562 CGLKVISSIVHFPDALEMLSLEGAMDSVLHTLQMYPDDQEIQCLGLSLIGYLITKKNVFIGTGHL 626
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Zfish   601 CGLGVLAALADSSGAVDLMCQQGAIDTVLHTLQMFPQERDIHYWGLSLLFHLISKKKLSRMMVPV 665

Human   627 LAKILVSSLYRFKDVAEIQTKGFQTILAILKLSASFSKLLVHHSFDLVIFHQMSSNIMEQKDQQF 691
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Zfish   666 LASVLVSSVRKHKEDSVMLLKGLQVVWKLLDTCSSAAVWLQKEAFEKEIFQILRENTADQRRDPL 730

Human   692 LNLCCKCFAKVAMDDYLKNVMLERACDQNNSIMVECLLLLGADANQAKEGSSLICQVCEKESSPK 756
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Zfish   731 QGMSCLCLSKMVTDGEILYALLERACEDGDVDMAECLIQLGADVNKKTKSDSLLYQACDRGAPLA 795

Human   757 LVELLLNSGSREQDVRKALTISIGKGDSQIISLLLRRLALDVANNSICLGGFCIGKVEPSWLGPL 821
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Zfish   796 LLELLVSSGVHEQHLRGALSVCVRRSDDPAVTLILRRLGLDHTNSALCLGSVRIGHMKASWISAL 860

Human   822 FPDKTSNLRKQTNI-----ASTLARMVIRYQMKSAVEEGTASGSD----GNFSEDVLSKFDEWTF 877
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Zfish   861 LSERRS---QSTNTHYSSKGQRLARQISQLQRKKGIVGVSRLSSDVSTSGYFTDEESD------- 915

Human   878 IPDSSM---DSVFAQSDDLDSEGSEG---SFLVKKKSNSISVGEFYRDAVLQRCSPNLQRHSNSL 936
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Zfish   916 --DSHISLEDSLVFMFDELESDGSDGPPHGFMLISDSLEVS-----RRPVWRRRSHS--RRTSSE 971

Human   937 G---------PIFDHEDLLKRKRKILSSDDSLRSSKLQSHMRHSDSISS-LASEREYITSLDLSA 991
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Zfish   972 GYHGEADPSVPVQKH-----------ANSHNIRGQGF------SESFSSPVVLDKDPVRLLDLSG 1019

Human   992 NELRDIDALSQKCCISVHLEHLEKLELHQNALTSFPQQLCETLKSLTHLDLHSNKFTSFPSYLLK 1056
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Zfish  1020 NELNDLSCLTDLNSLKKLIENLHRLDLSGNNLSQFPSILCQSLRSLTRLDLQGNHLQCLPSELLS 1084

Human  1057 MSCIANLDVSRNDIGPSVVLDPTVKCPTLKQFNLSYNQLSFVPENLTDVVEKLEQLILEGNKISG 1121
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Zfish  1085 LPALHTLNVSRNCIGPLLQLEPGVCSPALRRLNLSFNQITVCPFQLRSATQRLEELSLEGNQISE 1149

Human  1122 ICSPLRLKELKILNLSKNHISSLSENFLEACPKVESFSARMNFLAAMPFLPPSMTILKLSQNKFS 1186
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Zfish  1150 LSLPLCLAELKVLDVSKNQVKIVSDNFLAECLKMETFIASVNQISSLPHLPSKITTVKLSHNTFT 1214

Human  1187 CIPEAILNLPHLRSLDMSSNDIQYLPGPAHWKSLNLRELLFSHNQISILDLSEKAYLWSRVEKLH 1251
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Zfish  1215 RVPEIVINLPCLRSVDMRNNSVGVLPGPSVWLSVNLRELMFSHNLISALDLSGPVYKWARLEKLH 1279

Human  1252 LSHNKLKEIPPEIGCLENLTSLDVSYNLELRSFPNEMGKLSKIWDLPLDELHLNFDFKHIGCKAK 1316
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Zfish  1280 LSFNRLTEIPPQIGMLEDLTSLDVSHNEGLRSFPDEMGKLVHLWDLPLDGLQLQLDLKHIGSKTK 1344

Human  1317 DIIRFLQQRLKKAVPYNRMKLMIVGNTGSGKTTLLQQLMKTKKSDLGMQSATVGIDVKDWPIQIR 1381
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Zfish  1345 DIIRFLQQRLKKAVPYHRMKLMVLGGSGSGKSSLIQQLMRLRRS---QWRSDPGVSIRDWP--VR 1404

Human  1382 DKRKRDLVLNVWDFAGREEFYSTHPHFMTQRALYLAVYDLSKGQAEVDAMKPWLFNIKARASSSP 1446
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Zfish  1405 SKDKRNMMLNVWEFSGGEECSGIHPHFMSSRAVYLVLYDLSKGASEIHAIKPWLFNIKAVAGQCP 1469

Human  1447 VILVGTHLDVSDEKQRKACMSKITKELLNKRGFPAIRDYHFVNATEESDALAKLRKTIINESLNF 1511
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Zfish  1470 VIVVGTHADLCEERHLQECLLKLQKELQSQPGFPAIRENHVLSACEESESLGRLRKAIYRELIGF 1534

Human  1512 KIRDQLVVGQLIPDCYVELEKIILSERKNVPIEFPVIDRKRLLQLVRENQLQLDENELPHAVHFL 1576
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Zfish  1535 KIQGQPVMGQLVPDCYVELEKRLLQERSCAPADFPVLRHSRLMEILQETQLQLEEGELPHAIHFL 1599

Human  1577 NESGVLLHFQDPALQLSDLYFVEPKWLCKIMAQILTVKVEGCPKHPKGIISRRDVEKFLSKKRKF 1641
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Zfish  1600 SEAGVLLHF-DPVLQLKDLYFIDLQWFCRIISQTLSLKSSGPWDSTKGVVQRSTVEKFVEKSRCF 1663

Human  1642 PKNYMSQYFKLLEKFQIALPIGEEYLLVPSSLSDHRPVIELPHCENSEIIIRLYEMPYFPMGFWS 1706
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Zfish  1664 PKDHMIQYFKLLEKFQIALPFDHDQLLIPSSLSDHRPVIELPHCENSEVIIRLYEMPYFPMGYWP 1728

Human  1707 RLINRLLEISPYMLSGRERALRPNRMYWRQGIYLNWSPEAYCLVGSEVLDNHPESFLKITVPSCR 1771
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Zfish  1729 RQISRLLEVSAFLLYGREKALKPNRIYWRKGIYLSWSAEAYCLVEALTLEENPASFIKITVPCSR 1793

Human  1772 KGCILLGQVVDHIDSLMEEWFPGLLEIDICGEGETLLKKWALYSFNDGEEHQKILLDDLMKKAEE 1836
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Zfish  1794 KGRVLFGQVVDHIDSLLEEWFPGLLTTDIHGTGETLLKKWALYSFSDGQNCQKMLLEDLLSNTNA 1858

Human  1837 GDLLVNPDQPRLTIPISQIAPDLILADLPRNIMLNNDELEFEQAPEFLLGDGSFGSVYRAAYEGE 1901
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Zfish  1859 DGLLVNPEDPSCTLPISQISPDLVLSDQPSSTILDPEQLEMELTAEYMLGDGGFGSVYKAVYKNE 1923

Human  1902 EVAVKIFNKHTSL----RLLRQELVVLCHLHHPSLISLLAAGIRPRMLVMELASKGSLDRLLQQD 1962
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Zfish  1924 EVAVKIFNKHASALYVHRLVRQELAVLGRLCHPSLVGLLAAGCNPHILVMELAPYGSLDSLFERE 1988

Human  1963 KASLTRTLQHRIALHVADGLRYLHSAMIIYRDLKPHNVLLFTLYPNAAIIAKIADYGIAQYCCRM 2027
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Zfish  1989 NGSLSRKLQHRIALHVADGLKYLHSSMIIYRDLKPHNVLLFNLKTDAEIVAKITDYGIAQYCCSM 2053

Human  2028 GIKTSEGTPGFRAPEVARGNVIYNQQADVYSFGLLLYDILTTGGRIVEGLKFPNEFDELEIQGKL 2092
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Zfish  2054 GVRSSEGTPGFRAPEVARGNVIYNVQADVYSFGLLLYDLLTYGERISDGMKFPSEFDEVAVQGKL 2118

Human  2093 PDPVKEYGCAPWPMVEKLIKQCLKENPQERPTSAQVFDILNSAELVCLTRRILLPKNVI---VEC 2154
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Zfish  2119 PDPVKDYGCSPWPEIESLMRECMRENPQDRPTSAQVFDRLNSAEMLCLMREL----NVVGFPGEC 2179

Human  2155 MVATH-----HNSRNASIWLGCGHTDR--GQLSFLDLNTEGYTSEEVADSRILCLALVHLPVEKE 2212
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Zfish  2180 FVVSNSGGAANGGKNPHVWIGGGSSSQKLGCVTAVDLETGGSLNQELDRSPILCMVIIRAADSCS 2244

Human  2213 SWIVSGTQSGTLLVINTEDGKKRHTLEKMTDSVTCLYCNSFSKQSKQKNFLLVGTADGKLAIFED 2277
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Zfish  2245 DWLVAGSESGSLFIMDTINAKVLHRLKSVKDSVTSLYFHTELQHRCLKSYLLVGTADGTLVIYED 2309

Human  2278 KTVKLKGAAPLKILNIGNVSTPLMCLSESTNSTERNVMWGGCGTKIFSFSNDFTIQKLIETRTSQ 2342
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Zfish  2310 SALKVENGGPVKTLEVGDVNTPLMCLGPSSHPQERRSLWAACGTRIILFTVEFDVCRSIDTKPKP 2374

Human  2343 LFSYAA--FSDSNIITVVVDTALYIAKQNSPVVEVWDKKTEKLCGLIDCVHFL-----REVMVKE 2400
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Zfish  2375 LFSLQARVSGEACISRLAVDKHVYVSKTGGHTVEVWDKKTERMVNLIDCMQLLGLSSTRKPKVHS 2439

Human  2401 NKESKHKMSYSGRVKTLCLQKNTALWIGTGGGHILLLDLSTRRLIRVIYNFCNSVRVMMTAQLGS 2465
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Zfish  2440 EDQSR-PMVPSLVVKALLVQHSGTLWIGTRAGHILLVEVSSCHLLQTINPHCHSIRCMGSILLDT 2503

Human  2466 L--KNVMLVLGYNRK-NTEGTQKQKE--IQSCLT----VWDINLPH 2502
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Zfish  2504 LNRKNVILVLGRRQRIHLEQLKTQSEGFLVSTLSHQNRTWTIH-PH 2548

Known Domains:


Indicated by green bases in alignment.

GeneSequenceDomainRegion External IDIdentity
LRRK2NP_940980.4 Required for RAB29-mediated activation. /evidence=ECO:0000269|PubMed:29212815, ECO:0000269|PubMed:38127736 1..969 373/1015 (37%)
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leucine-rich repeat 985..1012 CDD:275380 9/26 (35%)
LRR <1009..1279 CDD:443914 138/269 (51%)
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RocCOR 1334..1507 CDD:206741 89/172 (52%)
COR 1527..1740 CDD:406489 136/212 (64%)
STKc_LRRK2 1884..2135 CDD:270970 184/254 (72%)
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lrrk2XP_068073486.1 LRR 1007..>1263 CDD:443914 117/255 (46%)
leucine-rich repeat 1041..1064 CDD:275380 10/22 (45%)
leucine-rich repeat 1065..1087 CDD:275380 10/21 (48%)
leucine-rich repeat 1088..1112 CDD:275380 11/23 (48%)
leucine-rich repeat 1113..1136 CDD:275380 8/22 (36%)
leucine-rich repeat 1137..1158 CDD:275380 12/20 (60%)
leucine-rich repeat 1159..1198 CDD:275380 16/38 (42%)
leucine-rich repeat 1199..1225 CDD:275380 12/25 (48%)
leucine-rich repeat 1226..1249 CDD:275380 12/22 (55%)
leucine-rich repeat 1275..1298 CDD:275380 16/22 (73%)
P-loop containing Nucleoside Triphosphate Hydrolases 1362..1530 CDD:476819 89/172 (52%)
COR 1550..1762 CDD:406489 136/212 (64%)
Protein Kinases, catalytic domain 1906..2161 CDD:473864 184/254 (72%)

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