DRSC/TRiP Functional Genomics Resources

powered by:
logo

back to: DIOPT - Ortholog Prediction Tool / DIOPT for Diseases and Traits


Protein Alignment ATXN2L and Atxn2l

DIOPT Version :9

Sequence 1:XP_005255118.1 Gene:ATXN2L / 11273 HGNCID:31326 Length:1104 Species:Homo sapiens
Sequence 2:XP_017444890.1 Gene:Atxn2l / 361649 RGDID:1565868 Length:1133 Species:Rattus norvegicus


Alignment Length:1137 Identity:1045/1137 - (91%)
Similarity:1058/1137 - (93%) Gaps:37/1137 - (3%)


- Green bases have known domain annotations that are detailed below.


Human     1 MLKPQPLQQPSQPQQPPPTQQAVARRPPGGTSPPNGGLPGPLATSAAPPGPPAAASPCLGPVAAA 65
            ||||||.||.||||||||||||||||||||||||||||||||..:|||||||...||||||.|||
  Rat     1 MLKPQPPQQTSQPQQPPPTQQAVARRPPGGTSPPNGGLPGPLPATAAPPGPPTVVSPCLGPAAAA 65

Human    66 GSGLRRGAEGILAPQPPPPQQHQERPGAAAIGSARGQSTGKGPPQSPVFEGVYNNSRMLHFLTAV 130
            |||||||||.|||  .|.||||||||||.||||.|||:|||||||||||||||||||||||||||
  Rat    66 GSGLRRGAESILA--APAPQQHQERPGAVAIGSVRGQTTGKGPPQSPVFEGVYNNSRMLHFLTAV 128

Human   131 VGSTCDVKVKNGTTYEGIFKTLSSKFELAVDAVHRKASEPAGGPRREDIVDTMVFKPSDVMLVHF 195
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||:||||
  Rat   129 VGSTCDVKVKNGTTYEGIFKTLSSKFELAVDAVHRKASEPAGGPRREDIVDTMVFKPSDVLLVHF 193

Human   196 RNVDFNYATKDKFTDSAIAMNSKVNGEHKEKVLQRWEGGDSNSDDYDLESDMSNGWDPNEMFKFN 260
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  Rat   194 RNVDFNYATKDKFTDSAIAMNSKVNGEHKEKVLQRWEGGDSNSDDYDLESDMSNGWDPNEMFKFN 258

Human   261 EENYGVKTTYDSSLSSYTVPLEKDNSEEFRQRELRAAQLAREIESSPQYRLRIAMENDDGRTEEE 325
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  Rat   259 EENYGVKTTYDSSLSSYTVPLEKDNSEEFRQRELRAAQLAREIESSPQYRLRIAMENDDGRTEEE 323

Human   326 KHSAVQRQGSGRESPSLASREGKYIPLPQRVREGPRGGVRCSSSRGGRPGLSSLPPRGPHHLDNS 390
            |||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  Rat   324 KHSAVQRQGSGRESPSLVSREGKYIPLPQRVREGPRGGVRCSSSRGGRPGLSSLPPRGPHHLDNS 388

Human   391 SPGPGSEARGINGGPSRMSPKAQRPLRGAKTLSSPSNRPSGETSVPPPPAAPPFLPVGRMYPPRS 455
            ||||||||||||||||||||||||||||.||||||:||||||.||||..||.|||||||||||||
  Rat   389 SPGPGSEARGINGGPSRMSPKAQRPLRGGKTLSSPNNRPSGEASVPPTSAALPFLPVGRMYPPRS 453

Human   456 PKSAAPAPISASCPEPPIGSAVPTSSASIPVTSSVSDPGVGSISPASPKISLAPTDVKELSTKEP 520
            ||||||||:||||||||||||| .|||||||||||.|||.|||||||||:||||||||||.||||
  Rat   454 PKSAAPAPVSASCPEPPIGSAV-ASSASIPVTSSVVDPGAGSISPASPKLSLAPTDVKELPTKEP 517

Human   521 GRTLEPQELARIAGKVPGLQNEQKRFQLEELRKFGAQFKLQPSSSPENSLDPFPPRILKEEPKGK 585
            .|:||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|..|||||.||||||.|||
  Rat   518 SRSLEAQELARIAGKVPGLQNEQKRFQLEELRKFGAQFKLQPSSSSETGLDPFPSRILKEEAKGK 582

Human   586 EKEVDGLLTSEPMGSPVSSKTESVSDKEDKPPLAPSGGTEGPEQPPPPCPSQTGSPPVGLIKGED 650
            ||||||||||:|||||||||.||:.|||||.|||...|:|||||..|||||||||||||||||:|
  Rat   583 EKEVDGLLTSDPMGSPVSSKAESILDKEDKVPLAAVAGSEGPEQLQPPCPSQTGSPPVGLIKGDD 647

Human   651 KDEGPVAEQVKKSTLNPNAKEFNPTKPLLSVNKSTSTPTSPGPRTHSTPSIPVLTAGQSGLYSPQ 715
            |:||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  Rat   648 KEEGPVTEQVKKSTLNPNAKEFNPTKPLLSVNKSTSTPTSPGPRTHSTPSIPVLTAGQSGLYSPQ 712

Human   716 YISYIPQIHMGPAVQAPQMYPYPVSNSVPGQQGKYRGAK-------------------------- 754
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||                          
  Rat   713 YISYIPQIHMGPAVQAPQMYPYPVSNSVPGQQGKYRGAKGEQGWEGQLGLPSASWQAKTPELCTV 777

Human   755 -----GSLPPQRSDQHQPASAPPMMQ-AAAAAGPPLVAATPYSSYIPYNPQQFPGQPAMMQPMAH 813
                 ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  Rat   778 YPPPTGSLPPQRSDQHQPASAPPMMQAAAAAAGPPLVAATPYSSYIPYNPQQFPGQPAMMQPMAH 842

Human   814 YPSQPVFAPMLQSNPRMLTSGSHPQAIVSSSTPQYPSAEQPTPQALYATVHQSYPHHATQLHAHQ 878
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||
  Rat   843 YPSQPVFAPMLQSNPRMLTSGSHPQAIVSSSTPQYPSAEQPTPQALYATVHQSYPHHATQLHGHQ 907

Human   879 PQPATTPTGSQPQSQHAAPSPVQQHQAGQAPHLGSGQPQQNLYHPGALTGTPPSLPPGPSAQSPQ 943
            |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  Rat   908 PQPATTPTGSQPQSQHAAPSPV-QHQAGQAPHLGSGQPQQNLYHPGALTGTPPSLPPGPSAQSPQ 971

Human   944 SSFPQPAAVYAIH-HQQLPHGFTNMAHVTQAHVQTGITAAPPPHPGAPHPPQVMLLHPPQSHGGP 1007
            ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||:|||||||||||||||||||||||.||||
  Rat   972 SSFPQPAAVYAIHPHQQLPHGFTNMAHVTQAHVQTGVTAAPPPHPGAPHPPQVMLLHPPQGHGGP 1036

Human  1008 PQGAVPQSGVPALSASTPSPYPYIGHPQGEQPGQAPGFPGGADDRILCRVGRSHSRRRQGLAPGS 1072
            ||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  Rat  1037 PQGAVPPSGVPALSASTPSPYPYIGHPQGEQPGQAPGFPGGADDRILCRVGRSHSRRRQGLAPGS 1101

Human  1073 VLCFPPSSLSCDPAAPLPTASPALSDPDCLLT 1104
            ||||||||||||||||||||||||||||||||
  Rat  1102 VLCFPPSSLSCDPAAPLPTASPALSDPDCLLT 1133

Known Domains:


Indicated by green bases in alignment.

GeneSequenceDomainRegion External IDIdentity
ATXN2LXP_005255118.1 SM-ATX 122..191 CDD:291131 68/68 (100%)
PBP1 209..750 CDD:227507 504/540 (93%)
LsmAD 264..326 CDD:284215 61/61 (100%)
TFIIA 763..>948 CDD:281188 182/185 (98%)
TFIIA 882..>1074 CDD:281188 187/192 (97%)
Atxn2lXP_017444890.1 SM-ATX 121..194 CDD:405176 71/72 (99%)
PBP1 207..>412 CDD:227507 203/204 (100%)
LsmAD 262..324 CDD:399606 61/61 (100%)
PHA03247 <435..977 CDD:223021 477/543 (88%)
PHA03247 <908..1128 CDD:223021 215/220 (98%)


Information from Original Tools:


Tool Simple Score Weighted Score Original Tool Information
BLAST Result Score Score Type Cluster ID
Compara 1 0.930 - - C83693236
Domainoid 1 1.000 745 1.000 Domainoid score I3140
eggNOG 1 0.900 - - E1_COG5180
HGNC 1 1.500 - -
Hieranoid 1 1.000 - -
Homologene 1 1.000 - - H16513
Inparanoid 1 1.050 1978 1.000 Inparanoid score I1492
NCBI 1 1.000 - -
OMA 1 1.010 - - QHG49273
OrthoDB 1 1.010 - - D116171at7742
OrthoFinder 1 1.000 - - FOG0001866
OrthoInspector 1 1.000 - - oto129138
orthoMCL 1 0.900 - - OOG6_108744
Panther 1 1.100 - - LDO PTHR12854
Phylome 1 0.910 - -
SonicParanoid 1 1.000 - - X9068
SwiftOrtho 1 1.000 - -
TreeFam 1 0.960 - -
1818.270

Return to query results.
Submit another query.