DRSC/TRiP Functional Genomics Resources

powered by:
logo

back to: DIOPT - Ortholog Prediction Tool / DIOPT for Diseases and Traits


Protein Alignment MED16 and Med16

DIOPT Version :10

Sequence 1:NP_005472.2 Gene:MED16 / 10025 HGNCID:17556 Length:877 Species:Homo sapiens
Sequence 2:XP_006240923.1 Gene:Med16 / 299607 RGDID:1308001 Length:893 Species:Rattus norvegicus


Alignment Length:860 Identity:764/860 - (88%)
Similarity:792/860 - (92%) Gaps:31/860 - (3%)


- Green bases have known domain annotations that are detailed below.


Human     9 AGGMMDLAYVCEWEKWSKSTHCPSVPLACAWSCRNLIAFTMDLRSDDQDLTRMIHILDTEHPWDL 73
            |.||||||||||||||:|||:|||:|||||||||||||||.|||:||||||.|||||||||||::
  Rat    34 AVGMMDLAYVCEWEKWAKSTYCPSLPLACAWSCRNLIAFTTDLRNDDQDLTHMIHILDTEHPWEV 98

Human    74 HSIPSEHHEAITCLEWDQSGSRLLSADADGQIKCWSMADHLANSWESSVGSLVEGDPIVALSWLH 138
            ||:.|.|.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||
  Rat    99 HSVSSGHSEAITCLEWDQSGSRLLSADADGQIKCWSMADHLANSWESSVGSQVEGDPIVALSWLH 163

Human   139 NGVKLALHVEKSGASSFGEKFSRVKFSPSLTLFGGKPMEGWIAVTVSGLVTVSLLKPSGQVLTST 203
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  Rat   164 NGVKLALHVEKSGASSFGEKFSRVKFSPSLTLFGGKPMEGWIAVTVSGLVTVSLLKPSGQVLTST 228

Human   204 ESLCRLRGRVALADIAFTGGGNIVVATADGSSASPVQFYKVCVSVVSEKCRIDTEILPSLFMRCT 268
            ||||||||||||||||||||||||||.|||||||||:||||||||||||||||||||||||||||
  Rat   229 ESLCRLRGRVALADIAFTGGGNIVVAAADGSSASPVKFYKVCVSVVSEKCRIDTEILPSLFMRCT 293

Human   269 TDLNRKDKFPAITHLKFLARDMSEQVLLCASSQTSSIVECWSLRKEGLPVNNIFQQISPVVGDKQ 333
            ||.||||:||||||||||||||||||||||||||||:||||||||||||||||||||||||||||
  Rat   294 TDPNRKDRFPAITHLKFLARDMSEQVLLCASSQTSSLVECWSLRKEGLPVNNIFQQISPVVGDKQ 358

Human   334 PTILKWRILSATNDLDRVSAVALPKLPISLTNTDLKVASDTQFYPGLGLALAFHDGSVHIVHRLS 398
            |.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||:|||||
  Rat   359 PMILKWRILSATNDLDRVSAVALPKLPISLTNTDLKVASDTQFYPGLGLALAFQDGSVHMVHRLS 423

Human   399 LQTMAVFYSSAAPRPVDEPAMKRPRTAGPAVHLKAMQLSWTSLALVGIDSHGKLSVLRLSPSMGH 463
            |||||||||| |||.:||||:|||||.|||||.||||||||||||||||:|||||:||:|||:||
  Rat   424 LQTMAVFYSS-APRSLDEPALKRPRTTGPAVHFKAMQLSWTSLALVGIDNHGKLSMLRISPSLGH 487

Human   464 PLEVGLALRHLLFLLEYCMVTGYDWWDILLHVQPSMVQSLVEKLHEEYTRQTAALQQVLSTRILA 528
            .||..|||:|||||||||||||||||||||||||.|||||||:||||||||..||||||||||||
  Rat   488 ALEPKLALQHLLFLLEYCMVTGYDWWDILLHVQPGMVQSLVERLHEEYTRQKPALQQVLSTRILA 552

Human   529 MKASLCKLSPCTVTRVCDYHTKLFLIAISSTLKSLLRPHFLNTPDKSPGDRLTEICTKITDVDID 593
            ||||||||||||:.|||||||||||:||:|||||||||||||||||||||||.|||.||||||||
  Rat   553 MKASLCKLSPCTMARVCDYHTKLFLMAITSTLKSLLRPHFLNTPDKSPGDRLAEICAKITDVDID 617

Human   594 KVMINLKTEEFVLDMNTLQALQQLLQWVGDFVLYLLASLPNQ----------------------- 635
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||                       
  Rat   618 KVMINLKTEEFVLDMNTLQALQQLLQWVGDFVLYLLVSLPNQGAEHSSGLPDSASHGPVLKSHVS 682

Human   636 -----GSLLRPGHSFLRDGTSLGMLRELMVVIRIWGLLKPSCLPVYTATSDTQDSMSLLFRLLTK 695
                 ||.|||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  Rat   683 PDFTKGSALRPGHSFLRDGASLGMLRELMVVIRIWGLLKPSCLPVYTATSDTQDSMSLLFRLLTK 747

Human   696 LWICCRDEGPASEPDEALVDECCLLPSQLLIPSLDWLPASDGLVSRLQPKQPLRLQFGRAPTLPG 760
            ||||||||||||||||.|||||||||||||:||||||||||||||||||||||||:||||||||.
  Rat   748 LWICCRDEGPASEPDEGLVDECCLLPSQLLVPSLDWLPASDGLVSRLQPKQPLRLRFGRAPTLPS 812

Human   761 SAATLQLDGLARAPGQPKIDHLRRLHLGACPTEECKACTRCGCVTMLKSPNRTTAVKQWEQRWIK 825
            |.:.||||||.||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||:|||||||||||||
  Rat   813 STSILQLDGLTRAPGQPKIDHLRRLHLGAYPTEECKACTRCGCVTMLKSPNKTTAVKQWEQRWIK 877

Human   826 NCL--AVEGRGPDAC 838
            |||  .:..|.|.:|
  Rat   878 NCLCGGLWRRVPLSC 892

Known Domains:


Indicated by green bases in alignment.

GeneSequenceDomainRegion External IDIdentity
MED16NP_005472.2 WD 1 21..71 43/49 (88%)
WD40 70..109 CDD:197651 32/38 (84%)
WD 2 72..119 40/46 (87%)
WD40 repeat 85..116 CDD:293791 30/30 (100%)
Med16 119..828 CDD:371639 662/736 (90%)
WD 3 120..165 43/44 (98%)
WD40 repeat 153..204 CDD:293791 50/50 (100%)
WD 4 166..203 36/36 (100%)
WD 5 204..257 50/52 (96%)
WD 6 258..334 72/75 (96%)
WD 7 335..415 74/79 (94%)
WD 8 416..460 37/43 (86%)
WD 9 461..495 28/33 (85%)
Disordered. /evidence=ECO:0000256|SAM:MobiDB-lite 848..877
Med16XP_006240923.1 WD40 repeat 62..104 CDD:293791 34/41 (83%)
WD40 95..134 CDD:197651 32/38 (84%)
WD40 repeat 109..149 CDD:293791 39/39 (100%)
Med16 144..886 CDD:371639 664/742 (89%)
WD40 repeat 187..229 CDD:293791 41/41 (100%)
Blue background indicates that the domain is not in the aligned region.

Return to query results.
Submit another query.